求助律师

您好，律师，我是一名刚毕业的航海专业大学生，在大四期间我在学校和一家船务公司签了三方协议，上边写着违约金为3000元，并在今年三月份在公司参加了为期一个月的英语培训，但是也没签任何培训协议，在这期间我同公司签了劳动合同，但是合同上生效日期为2014年7月，但是两份合同公司全都拿着，也没有给我一份，我今年五月份公司就安排我上船工作，但是我上船20天后因为身体原因无法适应船上工作，所以提出下船，因为无法上船工作，我只能向公司提出辞职申请。我回公司与公司协商，但是公司说合同还没生效，并且公司现在扣押着我的所有证件，并要求我支付上船路费，违约费，办证费，体检费，培训费等共两万一千块钱，而且没得商量，再跟公司领导商量，公司领导直接赶我走，并且是不拿钱就没什么说的。作为一个农村出来的大学生，现在由于证件被扣押也无法从事其他工作，这两万多对于我来说是一笔巨款，请问律师，这些钱我都得赔吗？公司这种做法合理吗？我该怎么解决这种问题？