关于劳动纠纷问题，很想维权，请各位律师帮助！感谢！

我父亲1974年入伍，1978年退伍在事业单位工作，直到1994年10月办理了停薪留职，后来一直没有去单位，2007年被现在的单位合并了，当时合并没有解决我父亲的退休等事宜，今年办理退休时去找原单位，原单位让去社保大厅缴费，我父亲不知情的情况下缴纳了6万多元，发第一个月工资的时候发现工资才500多元，后来去找单位单位把他的档案没有移交到人社局，让我父亲交了6万多，然后档案交到社保大厅后档案里工作到94年没有在档案中体现出来，只写到89年底，我父亲去原单位调取工资单，结果说没有94年的工资档案，这五年的工龄人社局不能计算进去，而且停薪留职的合同也没有放在档案里，我父亲的停薪留职合同丢掉了。现在医保这边因为之前缴纳的六万多费用视为社会人员缴费以后现在核算缴纳医保费用时给核算了五万多元，从开始缴纳费用就一连串的问题出现了，从法律的角度怎样维权呢？原工作单位07年合并的时候没有把我爸的退休问题解决是否存在过错，没有把档案交到人社局是否存在过错，我爸自己缴纳了费用是否单位有义务承担一部分？我们如何维权最合理合法？请各位律师给想想办法。感谢！我人在北京，父亲在芜湖，没法当面咨询，只能通过这上面了