公司申请综合工时制，公司安排调休导致负工时；工资如何结算？

公司按年申请综合工时制，遇到以下三种情况：
1、淡季的时候，公司生产、工作安排调休，员工月加班小时不够冲抵；
2、旺季、正常季的时候：公司生产、工作安排调休；离职员工的加班小时不够冲抵，产生负工时
3、员工因私休假、在有加班小时情况下用调休申请；后面又因公司生产或工作安排调休，几次调休假别累计起来，最后导致加班小时不够冲抵，产生负工时。

以上产生负工时，公司目前操作是：工薪月结时，负工时的直接清0；当月按员工基本工资发放；目前，公司正在修改制度；想修改这部分负工时的操作；有以下几个方案；希望各位专业律师们能够为我解答下疑惑：
方案1：

1、在我们考勤制度中体现，明确指出：不允许员工用调休冲抵迟到、早退；在无加班情况下不允许员工其他因私休假以调休冲抵；一经发现全公司通报并纠正休假类型。
2、公司排产/排班原因安排休假或因私休假的；调休超出加班小时，需撤销多超出调休假；重新按年假、事假等申请；或者调休超出加班小时，离职员工撤销多超出调休假，负工时按事假等同于扣款；在职员工超出加班小时的，可与下月加班相抵扣。
方案2：
公司安排休假，分为休实际加班和休预支加班（预支加班是指：排休时间大于员工实际加班时，产生的负工时）；休实际加班工时的，优先抵冲平时、再冲抵周末；底薪按100%发放；休预支加班工时的，底薪按厦门最低基本工资（目前是1320）X80%（备注说明：休预支加班工时的，如上面所说当月工时为负工时的时候，员工当月底薪按厦门最低基本工资1320*80%发放）
以上两个方案，律师们觉得公司哪个方案是否可以执行，想听听各位专业人士的意见，谢谢！