劳动合同的问题

我是13年毕业的本科生，在毕业前于13年4月去现在的公司（对日的软件外包IT公司）实习，当时签了了培训的协议，（当初签协议的时候说是一式三份，我们自己留一份，公司留一份，人事那里备一份，但是我们个人手里的那一份一直就没有发）因为没有发，所以记得大概是说在培训的期间不能走，否则要赔公司6000元，4,5,6,7一共4个月的时间，但是期间有一个半月是回学校写毕业设计，其实就是差不多2个月的时间，在13年的8月正式签订了劳动合同（情况同上，自己手中也是没有），为期3年。
现在工作1年3个月，我想离职，原因如下：
1.经常加班，每天工作到9点半以后，有时候周六还来，感觉身体特别疲惫，而且最近不怎么精神，可能由于最近的这个项目太累，从9月到现在，基本没有晚上9点一起走的时候，总之就是加班，加班。
2.加班不给加班费用，但是加班的时间可以累积换成调休，说是年底和年终奖一起发，搞的特别混乱，但是偶然听见老员工说加班费他们自己算的是一个小时5元钱。现在累积加班大约30天，共计240小时左右。（包括平时的加班，和周末的加班时间）
3.感觉到自己的劳动并没有获得相应的酬劳。
附：
企业收留应届毕业生的时候，政府给企业补助培训费用，这个事情是我偶然看见的，别的公司也有，这么说的话，企业就算培训我们花费了一些费用，政府也支付了一些费用（我无意间看见貌似是9371元），远高于培训费，我还需向公司赔偿吗？另外公司说花费了6000元，个人感觉并没有这么多，培训期间每月补助600元，毕竟就是2个多月，这个补助公司有收据之类的，个人手中没有,另外协议中说培训完毕后工资不低于2300元每月，但是签合同的时候是2200元+100元补助，五险一金也是按2200元交的，因此我觉得公司违约在先，个人不需赔偿。

问题：
1.我现在离职了假如公司向我索赔6000元，合理吗？
2.加班费正常是按月发，还是按年发，我现在的公司这个发合法吗？
3.假如需赔付，我月初办离职，公司15日发结算工资，我未赔付6000元，公司15日扣押我工资这种做法合法吗？