请教关于劳务纠纷的几个问题！

本人于2009年10月应聘于一家私企，合同签订是3年，职务是送货员，半年后调动部门，职位是业务员，（问题1：单位是否该重新签订合同？）在今年的上半年，原先合同签订的工资是每月15号发放，单位在没有征得我们的同意下改为每月30号发放（问题2：这种行为该如何处理？），由于感觉单位新出得政策不合理，于2011年8月30号递交了辞职报告，并在2011年9月30号离开公司，因业务繁杂以及公司人员安排不及时，未能交接齐全，现公司以未交接清楚为由，拒绝办理任何退工手续，原先签订的劳动合同上有这一条“说是交接未清楚的公司有权不出具退工和保险转移以及索赔损失”（问题3：这是哪方的过错？）另外，在签订合同时同时有签订一份类似押金的借款协议，就是在工资中每月扣除几百元直至一定金额，当然协议里有写明支付相应的利息（问题4：这个行为是否合法？），并且，当时协议内注明借款金额是5000元，到目前为止，被扣除的工资已经超出这金额，公司给的解释是，当时送货员扣除的是5000，业务员扣除的是10000，但职位调动时并没有重新制定协议（问题5：这个行为是否属于劳动纠纷仲裁管理的范围，改如何追讨？）

另有一些薪酬方面的事宜希望能得到相关方面的咨询，谢谢！