该如何补偿经济补偿金

我于2000年进入一家高速公路企业从事收费工作，公司订立的合同是一年一签，2003年公司被另一公司合资成立一股份制公司，仍然签订一年一签的劳动合同。收费工作实行的是四班两运转工作方式，每天24小时不间断，由此公司到劳动局报批了“不定时工时制”，每月延长劳动时间近15小时且没有给予延长劳动时间的加班费，公司以不定时工时制没有加班工资为由拒绝支付延长劳动时间加班工资，且国家法定节日加班工资严重低于本地区最低工资标准为基数的加班工资，本人以公司克欠节日加班工资和未支付延长劳动时间加班工资为由提出与公司解除劳动关系，公司应当给付解除劳动合同的经济补偿金吗？公司报批的“不定时工时制”是否合乎相关规定，收费员实际应该执行的是“综合计算工时制”，我应该追偿的节日加班费和延长劳动时间加班费应该从什么时候算起？我是09年2月辞职的。另，我到当地劳动仲裁院申请劳动仲裁，仲裁员说2008年以前的节日加班费和延长劳动时间不予主张，已经过了劳动仲裁诉讼时效，只能主张08年以后的，又说没有找到“关于不定时工时制有延长劳动时间给付加班工资和节假日加班的法律依据”，所以就没有经济补偿金了，如此，我该如何伸张我的权利？经济补偿金应该从2000年计算还是2008年计算？