因为培训费用纠纷，辞职公司不予办手续

你好！
本人于2010年7月大学毕业后加入湖北某大型国企。公司于2011年4月，8月两次分别派我出去参加专业培训，但事先并无签订相关协议，如服务期限，违约金等。培训费用也并非公司所支付。
后本人于11年10月递交辞呈，公司领导已签字同意。因为拒绝赔偿培训费用(公司要求赔偿4万)，因而公司至今不予办理离职手续，扣留我档案等等。
现在我已离开公司，入职另外一家公司，且在另外一个城市。
请问这种情况下：
1.我需要赔偿公司培训费吗？如果不需要赔偿，公司又不给我办离职手续的话我是不是就需要申请劳动仲裁了？
2.劳动仲裁有效期是一年，但是因为我在另外一个城市上班，办理起来不太方便，如果过了期限，公司还是扣留我的档案资料我就没有别的办法处理了吗？而且公司是地方大型国企，纳税大户，我因为这件是得罪了公司，我很担心申请仲裁的公平性大打折扣。
3.如果公司说把我的档案“弄丢了”，我可以申请赔偿的吗？
谢谢