劳动纠纷，我能够得到经济补偿的机会有多大？

本人于08年开始就职于一家日本企业的办事处，08年年底这家公司在上海市青浦工业园区开了一间工厂，并正式成立了现地法人公司，但是由于公司主要人员都居住在市区（我住在长宁区），为了便于上下班，公司买了车作为班车每天接送大家上下班，但是由于下班时间不固定，老板不走谁都走不了，我向公司提出了加班费的要求，但是公司考虑后，决定给了我一个主任的职位，说是相信我有能力，每个月给我1000元的主人补贴，作为管理职，加班就属于义务，就没有加班费了。
我当时不知道劳动法上有这种规定：“职称津贴归职称津贴，加班费归加班费”，所以答应了。当时想着毕竟是新开的公司，很多事情还没有上轨道，多奉献一点是应该的。
可是签合同后才发现这家公司的加班时间很长，几乎每天要加1~2个小时，晚的就要到夜里，有的时候甚至连休息日都要到公司加班，超时加班是常有的事，一开始我没有什么意见，可是上司和老板总是挑我的毛病，而我则常常成为上司的代罪羔羊，有什么黑锅都莫名其妙的扣在我头上，渐渐的我的工作热情也减淡了，眼看着合同就快到期，我就上网查了一下职称津贴和加班费的关系，才发现加班费是我应得的，所以在老板找我谈更新合同的时候就提出加班费是应该给我的，但是公司借着要开始给员工交四金，从而要从我的收入中扣除四金的个人负担部分，确确实实到手的工资与我原来的工资相比，少了700多元，加上按每天加班1小时算，一个月下来的加班费全部算进去，和我原先的收入差不多，美其名曰：“公司是按照实际收入不降低为考量，给出的待遇条件。”但是原先我刚进公司的时候，由于是代表处，所以雇用合同是与外服签的，福利待遇当时是经由家乡那边的外服分支机构在我的户籍所在地缴纳的四金，当时谈的到手工资是4000，也就是说四金部分是公司全额负担的，所以我不太同意从我工资里扣除，不同意降低准确的（不含加班费）实际收入。要求实际收入与之前一样，加班费另算，外加四金。
公司就开始拿09年度对我的工作不满意为由，不同意我的条件，加上我自己觉得在这家公司没有什么发展前途，所以决定辞职。而公司也同意我即刻离职。
问题：

09年度我的加班证据没有，但是公司里有我的打卡纪录，我还保存了所有的工资单，这样我可以申请劳动仲裁吗？