初查制度的提出，最早见于1986年最高人民检察院《人民检察院直接受理侦查的刑事案件办案程序(试行)》。该文件第六条三项规定“经审查认为控告、检举的犯罪事实不清，需要补充材料才能确定立案或不立案的，可以通知控告、检举单位补充材料，人民检察院也可以派人直接调查，或者配合有关部门联合调查”。这是检察机关首次对有关初查问题作出规定，也是近十几年来对自侦案件进行初查的制度依据。但从这一规定的内容不难看出，传统的办案模式及立案观念对立案制度的影响。

　　1996年刑事诉讼法修改后，高检院起草了《人民检察院实施〈中华人民共和国刑事诉讼法〉规则(试行)》。该规则前几稿中尚规定在必要的时候可以进行初查，但最后定稿时即明确将初查规定为立案的一个环节，且具体规定了初查的程序。这标志的初查制度的正式确立。