1996年8月28日，中共中央研究决定，将我国“民办事业单位”改为“民办非企业单位”，中办、国办联合下发了《关于加强社会团体和民办非企业单位管理工作的通知》（中办发[1996]22号），确立了对社会团体和民办非企业单位实行“统一归口登记，双重负责，分级管理”的管理体制，以下简称“中央统一登记政策”。

根据中央统一登记政策，1998年10月25日国务院总理朱镕基签署中华人民共和国国务院令第250号，颁布修订的《社会团体登记管理条例》，明确界定社会团体指“由中国公民自愿组成，为实现会员共同意愿，按照其章程开展活动的非营利性社会组织”（第2条）。同时签署中华人民共和国国务院令第251号，颁布《民办非企业单位登记管理暂行条例》，明确界定民办非企业单位指“企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织”（第2条）。与此同时，民政部原社会团体管理司改为“民间组织管理局”，地方民政部门也新设或者将社会团体管理部门改为“民间组织管理局”、“民间组织管理办”、“民间组织管理股”。民政部门在开展民间组织登记管理工作时，许多社会团体和民办非企业单位及其业务主管部门不配合，登记管理工作遇到许多困难。

1999年，“法轮功”邪教组织暗地自己登记，频繁制造事端，社会稳定受到极大影响，我国民间组织管理工作岌待加强。1999年11月1日中办、国办又联合发出《关于进一步加强民间组织管理工作的通知》（中办发[1999]34号）。11月23日国务院召开加强民间组织管理工作会议。文化部首先响应，于11月25日发出《文化部关于贯彻〈中共中央办公厅国务院办公厅关于进一步加强民间组织管理工作的通知〉的紧急通知》。民政部积极出台措施，民政部长多吉才让于12月28日发布《民办非企业单位登记暂行办法》(民政部第18号令)，规定举办民办非企业单位，应按照下列所属行（事）业申请登记：（一）教育事业；（二）卫生事业；（三）文化事业；（四）科技事业；（五）体育事业；（六）劳动事业；（七）民政事业；（八）社会中介服务业；（九）法律服务业；（十）其它（第4条）。民政部在发布《办法》的同时，决定从2000年初至2001年底用两年时间在全国范围内开展一次大规模地对民办非企业单位的复查登记工作, 揭开了我国70多万家民办非企业单位复查登记管理工作的序幕。复查登记工作开展后，大多数部委认真贯彻落实中央统一登记政策、国务院条例和民政部办法，指导本行业的民办非企业单位进行了民政登记，唯司法部除外。