2、司法鉴定机构与公、检、法三机关分离。公安、检察机关是刑事诉讼中执行控诉职能的诉讼主体，对其控诉承担证明责任，如将事关被告人罪与非罪、罪行大小的专门性问题提交其内部机构鉴定，并作为定案根据，“无异于是用基于自身的主观认识并由自己制造证据证明自己的主张，这与其在刑事诉讼所处的地位和执行的职能是不符的，难保其鉴定结论的客观公正。”[14]再则，犯罪嫌疑人对事关自身利益的鉴定问题一无所知，法律规定的鉴定人回避权丧失意义。至于人民法院的自审自鉴，更与其中立的诉讼地位背道而驰。因此，从公正的价值角度出发，司法鉴定机构必须独立于公、检、法机关，站在中立的角度不偏不倚地提出符合客观规律和科学认识的鉴定结论。

    3、所有的司法鉴定机构由司法行政部门统一管理。从效率的角度出发，司法鉴定机构应当统一管理，杜绝各自为政，各行其是，避免多头鉴定，减少重复鉴定，节省社会资源。由司法行政部门对司法鉴定机构进行统一管理是适当的。其一，司法行政机关不直接参与诉讼或仲裁活动，独立于司法之外，符合中立、公正的要求；其二，与司法行政机关的性质和职能相符。1998年国务院机构改革中已赋予了司法部指导面向社会服务的司法鉴定工作的一项新职能，并由国务院“三定”方案加以确定，这为全国司法鉴定管理体制的改革确立了基本框架和思路。司法部已于2000年8月3日颁布了《司法鉴定人管理办法》和《司法鉴定机构登记管理办法，对鉴定机构的设立、登记、年检注销，对鉴定人员的资格、权利义务、执业等进行了初步规范。

    4、设立统一鉴定机构的构想。对公、检、法内部设立的鉴定机构予以撤销、合并，只在国家、省（直辖市、自治区）、地（市、州）设立三级司法鉴定机构，从而使鉴定机构的数量减少、实力增强、鉴定人的素质提高。地级司法鉴定机构根据情况可在县（县级市、区）设立分所，但一个县最多只设一家。考虑到侦查活动具有及时性的特点，侦查机关可以设立技术侦查人员，他们不具有鉴定人身份，而是协助侦查起诉的“专家辅助人”，提供的意见只能作为勘验、检查笔录，其效力有别于司法鉴定。[15]对医科、政法等高等院校、省级人民政府指定的医院、一些行业鉴定机构及其他专业部门组建的为社会服务的司法鉴定机构，都要纳入司法行政部门的统一管理，对其鉴定资格、范围、考核等予以规范。各级鉴定机构之间系平等关系，出具的鉴定结论在效力上没有等级之分，都需经过庭审质证后由法官依法采信。倘若赋予上下级鉴定机构鉴定效力的差异，因上下级鉴定机构之间的熟悉关系，为维护下级鉴定机构的“权威”，容易产生损害重新申请方的利益等弊端。

    有人认为将侦察、检察机关的鉴定机构撤销后，将影响侦查工作的顺利开展，如降低办案效率、不利于保密工作等，故极力反对。笔者不赞同此种看法。首先，鉴定机构撤并后无论硬、软件设施都会大大增强，又能防止无序竞争，鉴定结论的科学性、客观性都将高于以前；其次，现有的行政区域中地级市数量在陆续增加，其辖区呈缩小趋势。如四川省从1983年起至今，地级市的数量几乎增加了一倍；第三，近十年通讯、车辆、公路有了极大改善，县到地级市一般都有一级或高速公路；第四，地级鉴定机构在一些县还设有分所，基本上不会对效率产生影响，且从公正的角度考虑，付出一点时间代价也是必要的；最后，只要对鉴定机构予以严格管理，从制定上予以规范，即便侦察部门委托的鉴定的保密工作亦无需担忧。

    （二）从立法上加强对鉴定人的管理

    1、鉴定人资格的取得。鉴定人资格的取得，可借鉴律师、注册会计师资格考试的经验，实行全国统考。按所从事的不同鉴定类别，分别进行鉴定人资格考试，全国登记在册，只有取得相关鉴定资格的人方能从事相应的鉴定工作。令人欣慰的是，《司法鉴定人管理办法》第16条已规定：“司法鉴定人职业资格的取得和授予，实行全国统一考试、考核制度。”然该条尚需细化，并尽快付诸实施。对取得鉴定资格的人员，每两年进行一次考核，合格者方予注册并颁发证书，确保鉴定人真正具备专家水准，这是保证鉴定结论具有科学性和权威性的关键。