（二） 关于选举组织机构的公正性与独立性问题
选举组织是组织和主持选举的机构，必须具有其高度的中立性和独立性，以确保其权威性和公正性。但是在我国，目前形成了各级人大常委会主持选举的格局，这也就是人民代表由人民选举产生，再由人民代表自己负责人民代表的选举事宜；立法机关既制定选举法，又具体执行其制定的法律。这在逻辑上是有些不同通顺的,有学者认为这违反了二律背反规律 。而从世界范围内来看，议会也大多是不管理自身的选举的，因为议会的功能质体现在制定和通过法律来规范国家政治和社会生活，他们不能运用行政方式对具体的公共事务在具体程序上进行操作性规范。当然我国是实行人民代表大会制度的国家，这一点可能有别于西方国家的理论。
另外，如前文所述在选举组织的组成方面，我国法律仅作了原则性规定，实践中多由党委、人大和政府及其各部门的负责人组成，而这些官员很多就是选举的候选人,而且实践中，选举委员会的成员当选的比例相当之高。这种情形，显然不符合独立、公正的要求，明显违反一般性的政府工作原则——“回避原则”。同时也违背“自己不能做自己法官”的法治精神，因为对于选举中产生的纠纷和争议，《选举法》规定必须先由人大常委会或选举委员会在法定期限内进行处理，也就是选举组织还扮演了司法裁判者的角色，而一旦申诉涉及一方是选举组织的成员，那么选举组织无疑是自己处理自己的案子，自己监督自己、纠正自己、自己做自己的法官，这明显是违背自然公正原则的。
（三） 关于选举组织机构的工作透明度和对其监督问题
由于法律没有明确规定选举组织机构的工作程序和规范，在实践中，不论党内的选举机构还是法律规定的选举机构的工作情况都是不对外公开的，外界无法了解其运作情况，因而更谈不上如何进行监督。
正是由于其不公开的工作状态，为选举中的暗箱操作、腐败和滥用职权甚至违法犯罪留下了滋生的温床。实践中，由于选举组织在组织和指导选举过程中故意曲解法律、规避法律甚至直接违反法律，侵害公民选举权的现象屡有发生 。他们往往打着为了贯彻“组织意图”或假借“组织意图”的旗帜谋取私利，往往对选民或代表自由行使选举权的行为进行有倾向性的影响，他们一般不采用暴力、威胁、欺骗等非法手段，但其破坏选举的民主性和公正性及结果的真实性可能更为恶劣。
在实践中，选举组织及其工作人员的违法选举行为主要包括：（1）接受候选人或助选人的贿赂；（2）变更、涂改、损毁选民名册获选票，或知情不举及未尽力制止；（3）滥用职权、妨碍选民自由投票；（4）窥探选民投票内容，妨碍选民投票；（5）纵容不合格的选民投票，知情不举或不加以制止；（6）在选票上附加任何符号；（7）在计票前或不计票时，私自参入选票，以影响选举结构，或故意错误的计算或记载；（8）非负责的选举工作人员持有保管选票的钥匙等。