第三，新型农村合作医疗制度规范管理，定期公布经费账目，建立家庭账户，简化报销手续，实行资金钱账分离、封闭运行，并设立风险基金防范资金透支或沉淀。向农民宣讲新型农村合作医疗制度的参加办法、参加后的权利与义务、合作医疗经费的筹集、使用和报销等实际问题，赋予农民知情权和监管权。与村民自治相结合，农民代表参与方案设计，接受行政部门财政、审计等内部监督，人大、政协等的独立评估，建立了相对完善的监督体系。

　　第四，新型农村合作医疗制度的医疗服务与医疗救助和扶贫开发相结合，解决了参合农民的医疗服务需求问题，各收入层级农民从中直接受惠；新型合作医疗独立于城镇医疗保险和社会救助制度，没有强调参合农民的缴费年限和缴费比例，与社会救助中受助对象的“零给付”义务也有区别，一定程度弥补了我国现行医疗保障制度的不足。

　　新型合作医疗制度对于维护和实现广大农民的生命健康权具有重要意义，但因沿循合作医疗的旧思路，在试点阶段，相关的制度设计还不够系统和规范。

　　第一，自愿互助与生命健康权的排他性。自由、独立和尊严是最重要的人格利益，也是保障生命健康权的终极目标。新型合作医疗制度试点中，有地方卫生部门产生强烈的冲动和欲望，要求农民积极参加新合，甚至通过强制手段强迫农民参加；有的盲目追求试点数量、赶进度；有的包干、摊派等，违背自愿原则。参保者如果没有生大病住院，那么他所缴纳的保费中的一部分将无偿地奉献给那些生大病住院的参合农民。这里体现的是传统的互助济困的道德规范。然而，这与农民个人筹资的私有财产属性不相符。如果参合农民不愿救助别人，那么这种互助就是非自愿；再如农民参加新合也并非自愿，那么农民的缴费和救助行为就是双重的非自愿！再有，参合农民的个人缴费类于城镇职工基本医疗保险的个人账户，都属于缴费者的个人财产，但参合农民在保障水平较低的情况下还肩负救助他人的义务，是悖于城乡统筹协调发展的城乡居民医疗保障制度二元结构，对农民显失公平。因此，在制度设计上，新型农村合作医疗本身就存在缺陷。

　　第二、关于资金筹集问题。由于农村经济相对落后，农民实际支付能力不高，筹资能力明显不足。一些地方在推行新型农村合作医疗过程中，参保资金的收取缺乏统一明确的法规和政策，筹资成本由地方卫生部门承担，乡（镇）财税所只负责收费工作，工作态度缺乏主动性，使得筹资工作不仅成本高，而且难度大；而一些贫困地区仍然缺乏有效的多元化筹资手段，筹资效率不高。这些因素又会刺激地方套取中央财政补助的冲动，既不利于新型农村合作医疗的管理，也使得合作医疗基金不堪重负。同时，地方政府投入不足，资金收取额度也因时因地而异，集体经济投入部分也难以及时足额供应，加之农民缴纳的积极性不高，共同导致财政支出困难，补助经费难以按时发放，造成农村地区因病致贫和因病返贫的情况没有根本改变。

　　第三、关于制度执行问题。合作医疗在农村几起几落，春办秋黄，一些地方宣传不到位，农民对新型合作医疗制度不了解，缺乏足够的信任。不少地方试点仍以行政干预和指导为主，管理上缺少科学性，方法简单；缺乏有效的监督服务体系，造成医患保三方制约机制不健全，加之某些基层干部思想观念落后，业务素质低下，工作态度不积极，管理水平低，新型合作医疗难以持续有效地开展。另外，一些试点县（市）医疗基金没有封闭运行，合管办既管钱又管帐。有些试点方案不尽合理，出现基金沉淀过多，而某些定点医院的住院补偿区段和比例设置不够合理，致使无法科学测算补偿比和封顶线，最终使得住院医疗补偿基金沉淀或者超支。一些定点医疗机构没有实行先行垫付制度，农民须首先全额支付医疗费用再统一申请报销。新型农村合作医疗责任负担不明确，合管办同参合农民签订的合同中规定了双方的权利义务，但未说明某一方违约后该如何处置；医疗服务监管不完善，如何利用起付点、共付比等技术方法来引导病人合理“消费”不到位。合作医疗制度缺乏投诉及仲裁机制，医疗纠纷解决渠道有待加强。