我国商标法规定，自然人、法人或者其他组织对其生产、制造、加工、拣选或者经销的商品，可以向商标局申请商标注册。可以作为商标申请注册的可视性标志包括文字、图形、字母、数字、三维标志和颜色组合，以及上述要素的组合。申请注册的商标，应当有显著性特征，便于识别，并不得与他人在先取得的合法权利相冲突。
对农业企业而言，除了农产品可以申请商标注册外，农副产品、农产品加工品等均可以申请商标注册。据国家商标局统计，截止到2004年5月，我国共有农产品注册商标约22万件，位居前五位的商品类别分别是：米（含面粉）、茶及茶代用品、非活水产品、动物饲料、种子。 由此可见，已经有越来越多的农业企业认识到商标之于企业的重要性。与此同时，根据我们对农业知识产权纠纷的统计和研究中，农产品商标权纠纷也是最多的。
（四）农业商业秘密
商业秘密作为一类知识产权规定于我国的《反不正当竞争法》中，该法规定商业秘密是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。
对农业企业而言，保密的技术信息（简称技术秘密）主要包括：准备申请或者已经申请尚未公开的专利技术方案；准备申请或者已经申请尚未公开的植物新品种、新种质和新（繁殖）材料；准备申请或者已经申请尚未公开的微生物菌种；试验过程中的栽培方法、试验数据以及繁殖材料等；研究开发阶段的技术诀窍、工艺配方和技术情报等等。保密的商业信息（简称经营秘密）主要包括：与生产销售等经营活动相关的经营方法、管理模式、产销策略、货源情报、客户名单、财务报表、供销渠道等等。
（五）农业著作权
著作权又称版权，是指著作权人对其文学、艺术和自然科学、社会科学、工程技术等作品依法所享有的专有权利。我国《著作权法》规定，中国公民、法人或者其他组织的作品，不论是否发表，依照本法享有著作权。这表明著作权与专利权、商标权等知识产权不同，它无需申请、审查，是以“自动取得”方式获得。
著作权包括人身权利和财产权利。其中，人身权利包含发表权、署名权、修改权、保护作品完整权；财产权利包括复制权、发行权、出租权、展览权、表演权、放映权、广播权、信息网络传播权、摄制权、改编权、翻译权、汇编权以及其他使用其作品的权利。
在农业企业中，农业科技著作、技术论文、工程图纸、照片、图片等都属于农业著作权。按照我国《著作权法》规定，计算机软件属于“本法所称作品”，因此，农业计算机软件编码程序也属于农业著作权。