2、正确划分国家政策行为与国家投资行为的界限问题

国家政策行为是国家作为社会管理者而施行的行为，国家投资行为是国家作为国有资本所有者而施行的行为。然而，在具体的集体企业改制过程中，政府与企业之间却在减免税形成的财产的归属上，产生了严重分歧，一些地方政府与部门坚持认为减免形成的财产应归国有。减免税是世界上各国政府普遍施行的政策。我国过去有、现在有、今后还会有。国家对企业减免税优惠和税前还贷优惠，是国家政策行为，其目的是为鼓励和扶持某类产业、某类企业自身发展，从而促进整个社会经济发展。现在的问题是税收优惠或政策优惠形成的财产是归国家还是归受惠企业。在实际工作中，有关部门从来不向三资企业、乡镇企业和私营企业要求税收优惠和税前还贷形成的财产的所谓“国家产权”。从法律的角度讲，如果政府要向企业追索税收减免形成的财产权，实际上是要企业重新尽纳税的义务，这是与减免税行为自相矛盾的。因此，减免税形成的财产应归受惠企业所有。

3、正确划分国有单位的扶持行为与投资行为的界限。

国有单位对集体企业的扶持主要有两类：一是社会行政性扶持，如帮助集体企业办理开办手续以及投资项目和经营有关的手续，并在某种程度上代表政府管理集体企业；一类是经济性扶持，如出垫底资金，出旧设备、工具、厂房、场地、派管理人员、技术人员以及为集体企业进行担保贷款等。从产权法律关系看，社会行政性扶持行为不属投资行为，与产权无关，不应向企业索要产权。经济性扶持行为应具体问题具体分析：凡当时或后来为无偿划拨、馈赠和借用、租赁、借贷关系者，也不属投资行为，不应追索产权；但在当时或以后明确为投资关系者，应属于投资行为，应追索产权。对于担保贷款，若国有单位确实负责了担保贷款连带责任的，应当向集体企业追索清偿；若集体企业已还款，借贷与担保关系已终结者，原担保者就不应向集体企业索要产权。

4、正确处理对待法规及法规冲突问题

集体企业产权纠纷难以处理是因为政出多门，法规和执法存在某些冲突。在集体经济产权规定上，部门行政规章与国家法律法规之间，部门规章与部门规章之间，部门规章与地方法规之间存在着诸多冲突。如国务院发布的《城镇集体企业条例》和《劳动就业服务企业管理规定》均规定：国有单位扶持资金的处理，或作为借用，或作为投资；国资局则规定“一般应视同投资性质”。又如国家税务局规定：税前还贷或税收减免形成的财产，视为集体企业的资本金。一些地方法规也规定税收优惠形成的财产归受惠集体企业；国资局则将部分税收优惠界定为扶持性国有资产等。法规规章冲突已经带来执法上的冲突，成为集体企业改制法律上的障碍。因此，制订统一的集体企业法规已刻不容缓。