6．赔偿数额计算和举证责任问题
最高法院有关司法解释规定：“人民法院判决被告对人数众多的原告承担民事赔偿责任时，可以在判决主文中对赔偿总额作出判决，并将每个原告的姓名、应获得赔偿金额等列表附于民事判决书后。”这就是说，应在种子纠纷群体诉讼中采用个别赔偿方式，需要分别对每一个原告所受的损害举证，在此基础上确定群体诉讼的赔偿数额。由于众多原告所受到的损害并不完全一致，每个原告必须有充分的证据证明其属于适格的当事人。尽管在计算损害额时，可以委托农作物栽培方面的专家进行田间现场测定减产量，但各原告具体损害额的确定，损害总额的计算，仍是诉讼活动中最令人烦恼的问题。一些法院采用推算的方法推定实际损失数额，如果推算方法不科学，很容易导致较大的差异和实际的不公正。诉讼中，被告应当审查：各个原告的购种凭证（应与经营档案核对）、种子包装物、种子标签、农村土地承包经营权证书以及实施田间管理的证据材料（防止原告只是购买人未非种子使用者以及虚报损失数额）。如：在代理某葱种质量损害赔偿纠纷案时，作者根据原告系黑龙江人没有河北省某县颁发的《农村土地承包经营权证》和《无公害大葱生产技术规程DB13/T 459-2001》，说明原告不可能在河北省境内用购买170斤的葱种育苗85亩之事实；法院采纳该意见，驳回了原告的诉讼请求。
7. 正确引导舆论，防止其恶意炒作。
由于职业特点，媒体对种子纠纷群体诉讼案件很敏感。媒体的恶意炒作，会对该类案件的处理造成舆论压力和社会压力；媒体的正确引导，会为正确处理该类案件创造条件。被告应当注意正确引导舆论，防止其对种子纠纷群体诉讼案件的恶意炒作。一般做法是：在法院判决前，不宜接受采访；即使接受采访，也应请专业媒体（如《农民日报》等）做正面的、客观的、科学的报道。
8. 充分行使诉讼权利，打持久战。
种子纠纷群体诉讼的原告人数众多，不易持久作战；当案件不能速战速决时，容易产生分裂。原告在一审时占据地利、人和，一般都能胜诉。被告应当充分行使诉讼权利，在一审败诉后，要坚持上诉、申请再审，与原告对抗到底。如一未审定棉种赔偿纠纷案，从2000年打到2007年，被告终获胜诉。
9. 发挥专业优势，打技术战。
原告尽管可以委托农业专家对种子质量以及损失原因进行鉴定，但其毕竟不是农业专家。因此，在种子纠纷群体诉讼中，被告应当充分发挥专业优势，打技术战。例，在郝某某等270户瓜农提起的西瓜种质量损害赔偿纠纷案中，被告的法定代表人吴某某就是蔬菜栽培学副教授，其又聘请作者为代理人，聘请农学博士李某某为专家辅助人。面对由三位副教授组成的强大专业诉讼团体，原告虽有证明种子存在质量问题的鉴定报告，也只能撤诉。