在收到SIPC的申请后，如果债务人同意，或者法院证实债务人满足上述四个条件之一，那么法院必须发出客户保护令（SIPA §5(b)(1)）。如果法院发出保护令，那么它必须按照SIPC的指示，立刻指定债务人的破产管理人及破产管理人的代理律师（SIPA §5(b)(3）。破产管理人和代理律师可以由来自同一家律师事务所的人担任。只有同债务人没有利害关系的人才可以担任破产管理人或代理律师，而根据SIPA的规定，下列情形均被视为同债务人有利害关系：（1）是债务人的债权人（包括客户）、股东或合伙人；（2）现在或曾经是债务人任何已发行证券的承销商；（3）现在或在申请日之前两年内曾经是债务人或上述承销商的董事、合伙人、管理人员、雇员或代理律师；（4）其他表明该人同债务人或承销商有关系，或者同任何类别的债权人（包括客户）或股东具有重大相反利益的情形。 [5] 　

　　在发出保护令和指定破产管理人后，法院必须立刻将清算程序移交给本司法辖区内对破产法下的案件具有管辖权的破产法院。在移交之后，该破产法院将获得SIPA赋予接受申请和发出保护令的法院的所有管辖权、权力和职责（SIPA §5(b)(4)）。在与清算程序有关的一切方面，SIPC均被作为当事人，有权就一切问题发表意见，并被视为介入了清算程序的所有环节。此外，SEC可以就在任何SIPA清算程序中到场提交通知，并可以作为一方当事人参与程序（SIPA §5(c)-(d)）。 　

　　二、对某些特别事项的处理　

　　1. 对待履行证券买卖合同的处理　

　　破产管理人对债务人的待履行合同（executory contract）有权承认（并履行）或拒绝。在根据美国破产法第七章提起的普通破产清算程序中，破产管理人应在法院发出指令之日起60日内或法院视需要规定的更短期间内承认（并履行）或拒绝债务人的待履行合同；如果在此期间内未作出承认或拒绝的表示，则视为拒绝（Bankruptcy Code, §365(d)(1)）。但是，在证券公司破产清算程序中，考虑到证券交易在时间方面的特殊性，对于债务人在日常经营过程中的任何待履行的证券买卖合同，破产管理人应在法院发出指令之日起的合理时间予以承认或拒绝，但最长不超过30日；若在此期间内未履行合同项下义务，则视为拒绝该合同（Bankruptcy Code, §744）。　

　　2. 特定客户请求权的劣后地位　

　　证券公司的某些客户，由于其特殊的身份或与证券公司的特殊关系，其请求权劣后于其他客户受偿。根据美国破产法第747条的规定，这些客户包括：（1）内部人； [6] （2）拥有债务人任何类别股权证券5%以上的受益所有人，但附有固定的股息和清偿权利的不可转换股票及有限合伙人在有限合伙中的利益除外；（3）分享债务人5%以上净资产或净利润的有限合伙人；（4）通过协议或其他方式，对债务人的管理或决策施加或有权施加控制的实体。如果在产生客户请求权的交易发生之时，该客户属于上述群体，则在其他客户的请求权被完全满足之前，破产管理人不得直接或间接对其进行全部或部分偿付。显然，这一规定旨在将那些同债务人具有特殊联系、掌握更多相关信息和资源、从而一般来说也可以更好的进行自我保护的客户同普通客户（中小投资者）区别开来，以优先保护普通客户的利益。