至于新目录颁布后，新旧《目录》之间享受进口税收优惠政策的衔接问题，一般是遵照老项目适用旧目录，新项目适用新目录的原则。也就是说，已经批准的可以享受优惠政策的项目，即使按照新目录不再属于可以享受进口税收优惠政策的项目，也可以继续享受相关优惠政策。此次目录调整，继续遵循了这一原则。海关总署在2007年11月26日发布的公告中明确，2007年12月1日后批准的外资项目，按照新《目录》确定是否属于鼓励类项目，凡不属于新《目录》鼓励类的项目，海关一律不予受理项目单位的减免税备案申请。2002年4月1日至2007年11月30日批准的外商投资鼓励类项目，项目单位须在2008年12月31日前按照规定持项目确认书等有关资料向海关申请办理减免税备案手续。至于2002年4月1日前批准的可以享受进口税收优惠政策的外资项目，海关总署在《关于针对海关在执行相关进口税收优惠政策适用问题的公告》(2007年第35号)中规定，项目单位必须在2007年12月31日前持项目确认书或其他相关资料向海关申请办理减免税备案手续，并于2010年12月31日前向海关申请办理项目项下进口自用设备的减免税审批手续。