采购主体在过程中若存在违反法律规定的情况，供应商有权提出申诉，这是供应商进行权利救济的程序。在此类情况下，采购实体应对任何此类申诉给予公正和及时的考虑，且以不损害在质疑制度下获得纠正措施的方式进行，国家应规定非歧视、及时、透明和有效的程序。质疑程序是ＷＴＯ《政府采购协议》第２０条专门规定的旨在保护供应商合法权益的制度。我国《政府采购法》第六章也移植了质疑程序，但却存在一些问题。

　　没有审查和处理质疑事项的独立主体

　　ＷＴＯ《政府采购协议》规定，质疑事项应由一家法院或对采购结果无利害关系的公正独立的审查机构进行审理，其机构成员在任职期间应不受外部影响。我国《政府采购法》质疑程序中的主要内容集中在这部法律的第５２条至第５４条规定。从法律规定的内容来看，审查、处理供应商质疑事项的主体分别是采购人或者采购代理机构，处理的质疑事项是采购文件、采购过程和中标、成交结果是否存在着违法，是否存在着侵犯供应商的合法权益。笔者认为，在我国《政府采购法》质疑和投诉这一章节中，最为关键的是质疑事项的审查、处理主体，这关系到质疑供应商的合法权益是否能够及时获得客观公正的保护。在《政府采购法》中，审查、处理质疑事项的主体，有各种不同级别的采购人，有以营利为目的的、名称各异的、不同组织形式的招标公司，有非以营利为目的事业性质的各级政府采购中心，等等。不论是哪类主体，与采购结果都存在着或多或少的利害关系和利益冲突，根本就无法保证公开透明、客观公正地审查、处理质疑事项。况且，在采购代理机构中，众多是以获取高额利润为目的的各类招标公司。这些主体不可能在审查、处理质疑过程中自己否定自己，不可能推翻既定的采购代理结果，也不可能做出任何有利于供应商的书面答复意见。可见，供应商的合法权益在我国现行法律制度的质疑程序中很难得到有效保护。

　　质疑结果不应该由财政部门来审查

　　ＷＴＯ《政府采购协议》规定，如果一质疑事项审查机构不是法院，则该机构应接受。前述已经谈到，我国目前审查、处理质疑事项的主体名目繁多，在采购人中，有各级国家机关、各类事业单位、不同形式的团体组织等，在采购代理机构中也有不同性质、不同目的的各式各样的主体。在所有的采购主体中，没有哪个主体能够站在第三方的立场来审查、处理质疑事项。在这种情况下出来的处理结果，如果再由财政机关来审查，而不是直接经受司法机关的审查，不仅仅是增加了供应商救济程序的累赘，更是增加了供应商的救济成本，难以进行合法权益的及时有效保护。