纵观上述三种意见，我们认为意见三是正确的。

　　在本案中，A公司的权益从情理上讲本应得到维护。然而其请求却难以得到仲裁庭支持，根本原因在于A、B两公司是在前合同尚末履行完毕时又签订了含有仲裁条款的合同，且两合同的履行具有一定的交叉性。由于双方对前一合同达成的仲裁协议未以法定形式表现，因而无法认定该事实存在，导致二者之间的纠纷管辖一部分在仲裁范围之内，一部分在诉讼范围之内，使A公司处于不利的地位。这个问题在经济活动中应引起人们足够的重视。

　　就本案的实际情况，A单位应如何通过法律手段保护自身合法利益呢?

　　笔者认为，A公司不宜先申请仲裁，而应先对口头合同部分提起诉讼，在人民法院判决后，再申请仲裁。A公司就1993年12月的合同提起诉讼，B公司最后一次付款是在1999年2月，因此，法院应认定A公司的诉求并未超过诉讼时效，而根据市场交易习惯B公司持续支付的50万元应优先抵偿尚未清偿的旧账。在审理过程中，法院不审理双方已约定仲裁部分的经济活动，故法院会判决B公司支付其1993年12月拖欠的货款。

　　诉讼完毕后，A公司应就1994年1月合同的35万元货款即向仲裁委员会提起仲裁申请，并应提交法院判决书，己证明仲裁并末超过法定时效。这样，A公司35万元货款也可以得到保护了。

　　这个案例告诉我们，仲裁范围虽然在理论上并不难理解，但实际操作中仍然难免产生各种各样的情况和问题。本案提醒我们，在合同中约定仲裁条款或约定仲裁协议时，一定要对前期没有约定仲裁方式的债权一并写入合同之中，以防止类似上述麻烦问题的产生。