名为房屋买卖实为借贷关系的合同有效吗

原告诉称
原告李某军向本院提出诉讼请求：1.请求判令被告退还给原告购房款547011元，以及逾期退款利息；2.请求判令被告给付迟延付款违约金54701.1元；3.判令被告W公司、S公司对上述债务承担连带给付责任。
事实和理由：北京X项目是被告W公司开发的楼盘。被告S公司负责对外销售。2016年底，原告在被告处购买了两套房产，并购买了涉案的1号和2号商业楼。共计交款房款2552267元。因2017年初国家政策限制，导致不能过户至原告名下，原告曾起诉被告，后和被告协商更换了房屋，并由原告成立公司继续购买涉案项目的房产，更换后的房产为3号房屋，总价1905256元。剩余的未退房款共计647011元，原告与开发商代表达成了《协议书》约定应于2018年12月31日前将未退的房款全部退清，否则应按照年化5%支付利息，并承担未退金额10%的一次性违约金。截止到原告起诉前，被告分文未退，也未办理交房手续。因原告已经缴纳了房屋全款，而被告未按照合同诚信履行，经多次协商无果的情况下，只能再次通过诉讼解决。

被告辩称
被告W公司辩称，我方认为本案的案由不正确，本案不是房屋转让合同纠纷，原告所购买的房屋法律关系，我方与原告之间并没有任何争议，在本案中，原告主张退款的依据的协议与我方没有关联，根据协议上所记载的换房后的3号房屋，这个房屋所产生的买卖合同相关事务均在本案之外正常履行，故本案并非房屋买卖合同纠纷，并且与其他的因为购买了我方的房屋正在退房的退房款并不一样。本案中涉及的我方的事务在原告2018年10月28日签订协议之前均已处理完毕，我方没有收取过原告的款项，原告也不存在向我方退房的事务，因此我方认为原告向我方主张退款是错误的。
被告S公司辩称，我方认为就本案而言，也是一个欠款关系，关于商品房转让合同相关的事务，在签订2018年10月26日协议的时候都已经处理完毕，关于前期款项中的1905256元在当时双方已经进行了权利义务的转化，对于相关的购房合同问题，并没有任何的争议，并且也不在本案原告提出的范围之内，对于剩余的款项547011元，由我方退还给原告，是双方达成协议的真实意思表示。
我方与原告是同意继续履行协议书，继续由我方进行退款，但是我方认为该协议的第四条和第五条的约定和百分之十的违约金，是重复的，如果两条同时适用，违约金已经高于原告不能收到款项的利息损失，因此要求降低违约金，对未退还的款项应当按照银行拆借利率计算利息损失，而不应当再计算违约金的补偿，同时由于退款的时间应该是自2018年10月30日、11月30日、12月30日才存在退款义务，因此我方认为应当按照协议书约定的时间来计算起算时间，而不是原告主张的时间，原告主张的时间没有事实和法律依据。
被告S公司辩称，本案的案由错误，本案实际上是欠款纠纷而不是房屋转让合同纠纷，关于我方与原告进行房屋认购的事情，在本案中是无关的并且早已经处理完毕，本案中原告依据的协议书也与我方无关，而且从协议书本身的约定来讲，法律关系在签订协议书的时候已经转化完毕，因此原告要求我方承担退房款没有依据，是起诉错误。

本院查明
李某军于2016年12月19日与S公司签订《订购协议》购买3号房屋，共计交款2552267元，收款人均为S公司。后因政策原因，李某军无法购买，双方产生争议，李某军曾提起诉讼，因双方自行和解，李某军撤回起诉。
2018年10月26日，李某军（甲方）与S公司（乙方）签订协议书，约定：甲方于2016年12月19日购买3号，交款1150376元，房源7-317，交款1401891元，合计金额2552267元，由于政策原因退房，房款迟迟不退，已经起诉，经过沟通，继续购买本项目，现X小区换房3号，总价款1905256元，现补齐3号全款，房款余款647011元，分批退给甲方，现乙方承诺······后S公司退还10万元，余款547011元至今未退。

裁判结果
一、被告北京W公司、S公司共同退还原告李某军购房款五十四万七千零一十一元并支付逾期利息，于本判决生效后七日内执行；
二、被告北京W公司、S公司共同给付原告李某军违约金五万四千七百零一元一角，于本判决生效后七日内支付；
三、驳回原告李某军的其他诉讼请求。

 点评
根据之前多份生效判决已经认定，W公司系“北京X”项目（L公司）的开发企业，其将涉诉房屋委托S公司进行销售，W公司与S公司内部形成了复杂的商业合作模式，S公司代表出卖方签订相关合同、收取相关款项、出具相关票据，故W公司应就销售房屋的行为承担相应法律后果。
李某军购买房屋后，曾提起诉讼，双方自行和解，并由S公司出面签署了协议书，该协议书为双方之间商品房预售合同关系的后续处理的延续，故双方之间仍为商品房预售合同关系，对三被告主张的法律关系错误的意见，法院不予采信。依据三被告合作模式以及之后换房过程，李某军有理由相信S公司所签署的协议书的效力也及于W公司。故对李某军要求三被告共同退还房款的请求予以支持。三被告应按协议要求支付违约金及逾期利息，双方约定为双方真实意思表示，并不过分高于李某军实际损失，对三被告要求予以调整的意见，不予支持。逾期利息损失起算时间应按双方协议书约定，法院对李某军所主张的起算时间予以调整。