拖欠工资，协商不成

律师你好！我是山东*集团有限公司的总工程师。由于公司拖欠工资（2016年12月工资至今未发），同时也由于本人家庭原因与2月28日提交离职申请。但是公司一直未批复。3月11日由于家人重病不得不请假几天，口头给公司后勤提出请假4-5天的要求，但是公司老板以出差为由未批准，我情急之下就直接回家了。
    3月15日我返回公司，发现本人的办公室和宿舍都被查封（有照片，现在任然处于查封状态），同时将我的考勤工号注销，我已经不能上班。第2天我要求公司给我办理离职手续，但是公司以老板不在为由不与办理。3月13日公司发放了2016年12月和2017年1月的工资，但是我并未收到一分工资，无奈之下我只能去劳动部门立案。立案后我只有返回老家处于无业状态
   劳动部门介入调查发现我实际要求发放工资与劳动合同（合同约定每月2800元）相差很大。让我提供证据（已经有公司打给本人银行卡的工资流水，后面注有公司名称）。这是公司也要求我回公司办理离职手续并协商解决，我回公司后，公司要求我先必须撤销劳动部门的立案才肯给我协商，我为了表达我的诚意，4月11号已经去劳动部门撤案了。
  但是公司给我协商的结果是要扣我工资的总额的30%（以要扣税为由）。但是之前我和老板的约定的是税后工资20万，每月发放16666元。我是2016年8月20号入职，以后一直也是按16666的标准发放。现在公司要扣9月至今的税。我无法接受，他们至今都不给我办理离职手续，同时还不愿意撤销我建造师证的转注申请。
    请问律师我该如何处理比较好