单个单位扣押我的档案，人事局、医院的作法违法吗

老师你好：在校园招聘会上我签了这样的协议
根据《xx县2010年事业单位招聘部分紧缺专业技术人才公告》，双方在签订《普通大中专生学校毕业就业协议书》的基础上签订就业补充协议。
一、就业协议签订后，甲方按照乙方的要求，按时参加人事局组织的体检、政审、政审、体检不合格不予聘用。
二、乙方聘用甲方后，甲方要刻苦努力学习，积极参加专业资格考试和培训，在规定时间内取得相应执业证书，见习期满后如果取不得职执业资格，只能继续享受见习期工资，直到取得相应的执业资格才能享受正式工资，如果2年内仍未取得相应的执业资格，将安排到下级医疗机构工作。
三、甲方被聘用后，必须在单位服务八年，八年不得调动，不得主动辞职、离职，若需参加考其他行政事业单位招聘的招聘考试，须经乙方同意，违者乙方不予甲方提走人事档案，并赔偿乙方违约金60000元人民币，
备注：1、甲、乙一方违反协议，则交另一方6000元的违约金，
2、甲方按时到乙方人事秘书科报到，并交就业报到证，人事档案等相关资料。

我上了2年的班，医院领导不同意辞职，院领导说要坚持原则，要我交45000的违约金，才给提人事档案，办理相关手续。
这份协议盖有卫生局、人事局的章，是经过公证的。辞职的时候我找过当地劳动仲裁部门，他们调查了给我说：像我这种签违约金人多，叫我跟医院院长协商，协商结果就是要我赔钱，医院要按原则办事。