发票过期问题

我是去年毕业于华东交通大学的一名大学生，去年8月份参加工作的，是一名采购员。今年2月13日我收到厂家的四份购料发票，其中三份的发票日期是2011年11月30日，但是发票明细和实际入库明细不一致（票面数量小于入库数量），发票一直无法挂账。因业务不熟悉，所学专业也和采购挂账毫无关系，我只顾着一直电话催促厂家再开发票，这样发票集中一起就能办理挂账了。经多次催促，2012年5月8号我收到厂家开的发票，如此，所有发票都能正常办理挂账了。5月9日我便将发票交给我们公司财务部人员，并两次口头叮嘱发票快要过期了，麻烦尽快结算。5月14日左右，经系统查询，得知财务部相关人员已将发票结算了，我也便以为事情就此结束了，电话通知我的厂家发票没问题了，已经挂账了。但是，很遗憾的是，5月29日上午我接到财务部电话，得知那三份发票日期为2011年11月30日的发票过期了，票面金额达二百七十多万。我一下就蒙了。
    事后，本人积极配合财务部处理该问题。通过对税务局咨询，根据国家税务总局2011年第50号《关于逾期增值税扣税凭证抵税问题的公告》，此类发票可以向国家税务总局申请逾期抵扣。经过与厂家协商，共同拟定了申报材料，现正在逐级申报当中。但是财务部内部6月下旬拟了一份文件，内容是我在三个月内没有将此事解决完，以后每个月开始扣我的，只能拿最低生活费，经办人正是将发票结算了没有及时拿去认证的那位。开始我也没太在意，想着积极解决问题就行了，财务部的人惹不起，而且相关人员关系不一般。
    但8月份真正的考核下来了。我们公司是每月19日开工资，8月22日左右拿到工资条是蒙了，真扣了，只能拿最低生活费，其实连生活费都不够的。现在，我意识到事情的严重性了，我是逃不了了。。。。。。
    这件事情对我打击很大，整天没心思工作，想着自己每天没日没夜工作，最后只能拿四五百块钱，觉得很怨屈。于是，跟领导说要辞职，九月底或是十月初离职,现在提前递交辞职申请,但是领导明确表示说我不能辞职，他不能给我签字,因为发票的事情还没有解决。他不同意我辞职我的档案就没法带走了。
    现在我不知道该怎么办，所以想到了法律咨询，我想了解遇到了这样的事情该怎么解决，事情的责任怎么判定。我认为我是有部分责任，但不是全部责任都在我一人身上，而现在考核我一个人，还不让人辞职，真的很无奈也很无助。还请律师帮忙，帮我解除困惑，我将非常感谢！谢谢！