自己开发的软件是否要提供源码给公司?

我在公司工作期间，职位是技术支持，主要负责产品安装和调试。
工作期间有个项目，需要定制开发一个内容， 因为当时没有签订劳动合同，处于各方面原因，制作了一个工具，来解决问题，好推进项目进行。
后来项目结束后，有人怂恿经理把这东西注册成公司专利，我没同意，主要是个人制作，另一个注册专利后，我没任何好处。

最近，从公司离职了，现在他们想要程序代码，从最初软件部署上去已经快2年多了，而且最近都没变化。公司的理由是，如果客户提出新的要求，需要重新开发和安装，有成本。 
我现在仔细想了想，客户目前需要的变更东西基本没有， 而且，公司已经在外边招人开发类似的东西，现在要我的源代码，无非是用来注册专利和扩展现在软件开发。那样的我这后续什么都拿不到。

我该如何保护我的知识产权，至少防止公司后期对我的各种限制。