劳动合同违约金及培训协议违约金

律师您好：我想请问，刘某与A公司在2012年10月17日签订3年服务期的劳动合同，合同最后一项“因个人原因在服务期3年内离职，需向甲方（A公司）赔偿3000元违约金”。培训协议：“3年内未满因个人原因离职的，需向A公司赔偿培训费及交通、食宿等一切所产生的费用”。但培训协议上未注明赔偿金额及所产生的费用金额。
  2012年10月18日公司安排到外省另一家子公司学习二月，费用公司报销，学习的内容也就是员工带着你学习（师傅带徒弟），也就是个岗前培训，并非专项或技术性培训，也不是第三方培训机构，也无培训发票，只有往返车费发票。刘某转正后2013年5月13日公司要求本部门员工加班，且加班时间为下午6点到晚上10点，晚12到第二天早上8点（值班），第二天早8点继续正常上班，刘某因加班时间太长不愿意加班，后和领导协商未果，公司领导因刘某不能加班会影响到其他员工，几次劝刘某离职（劝退），口头通知，但无书面通知，刘某反复思考后于2013年5月26日向A公司提出离职，公司离职表上离职原因，刘某写着：“加班时间过长，不愿意加班，经部门领导劝退后，自己反复思考后决定离职”公司收到刘某离职申请后停发刘某上月及本月工资，待公司清算完所需扣除部分费用后月6月25日给刘某结算，刘某在领取离职表后，当天公司相关领导同意离职并签字后，刘某上交到人力资源部后，第二天就没有来上班了。
    请问律师：公司是否应该扣除刘某合同违约金3000元及培训协议所产生一切费用的违约金？