解除合同之后，公司拖欠费用的问题咨询

本人供职于一家杭州药品生产厂家，做医药销售代表在常州跑销售，已经离职，但公司还拖欠我的费用没有给我。
具体情况如下：本人负责药品进医院销售，由于药品进院，需要开发医院，需要进院费用操作，所以当时向公司借款开发医院，本人在职期间已经开发好几家医院，药品都可以在医院正常销售。期间医院开发费用有的是自己贴钱，有的是向公司借款，在医院开发借款之前，每一家医院开发，都会向公司领导提交医院开发费用申请，并且领导也都同意。但医院开发之后之后，有的医院销售情况不好，向公司核销进院费用，但公司以该医院销量没有满足核销程序，不予以核销。由于没有核销掉，所以借款仍挂在我这边，目前本人离职，公司表示要求我把欠款全部缴清才帮我帮里离职证明社保公积金转移等，此外我自己贴进去的医院开发费用也要等到医院可以核销才能够帮我把这笔费用给我，就是说如果医院一直没有核销我就永远拿不到这笔费用！ 本人应该如何处理？如果申请劳动仲裁，那么是否可以在我负责销售的区域申请？