高额的违约金合理吗？

“xx钟表学校”的天价学费（=19.2年的大学学费）合理吗？
先概括地介绍一下.
2010年我进入xx大学（本科）机械电子工程专业学习。
2012年大二下学期专业分流，我进入测控技术与仪器专业（钟表方向）。
这个专业比较特殊，特殊之处在于我在进行本科学习的同时，也要进入到另一个“学校”—“xx大学xxx钟表学校”学习。
“xx大学xx钟表学校”是xx大学和xxx钟表集团合作办学，办学地点在大学的xx教学楼的一楼。是不是属于委托培养的性质我存在异议。
老师本身是xx大学的教师，同时又受聘与xx钟表集团，负责对我们的教学。教学的课程（钟表相关）有一部分属于本科的教学内容，另外一部分则是钟表相关的内容（手工操作为主）。
在进入这个“学校”之前让我们签了一份协议，协议上注明：毕业后在xx钟表公司工作三年，违约的代价是两年的培养费96000元。相当于我整整读了19.2年大学的学费！！

今年7月份我毕业后进入了xx钟表公司，被分配（并没有征求个人意见）到某个车间从事手表维修的工作。8月1号签订了三年的劳动合同正式入职，劳动合同上重申了96000的违约金。
现在我因为个人的原因，意于离开这家公司（并非到对手同行业的公司），向公司提出辞职后，被要求全额赔偿96000的违约金。
我愿意赔偿一半的费用，希望公司考虑到我刚刚毕业尚无积蓄。但公司拒绝。到现在依然协商无果。后面可能要走上仲裁的司法路线。

对此，我的异议是：
1，这每年4.8万、总计9.6万的学费合理吗？虽然我当时确实签了字。但是在学习的两年期间，我敢百分之百的保证在我个人身上并没有产生这么多费用。当然，同时我也相信公司（钟表行业的巨头）强大的法务部能提出一份无懈可击的培养费用清单。所以我很困扰。如果到了仲裁，如何维护自己的利益？
2，我已经于2014-09-19提出辞职申请，申请2014-09-30日离职（仍在试用期内）。在违约金协商无果的情况下，按照法律公司应该给我办理离职吗？
3，如果后面走向司法途径，公司会以怎样的形式“追究我的责任”？是先申请劳动仲裁、再到人民法院这样的道路吗？如果万一我输了（其实99.9%会输，因为要面对公司这么强大的法务部），我要承担什么对我很不利的责任吗？
4，如果我被判全额赔偿，但是我确实一次性拿不出这么多钱，法院会怎么处理？