急求自动离职呗扣工资后详细解决方式

本人在一家冶炼厂工作，08年9月份入厂从事仪表工作，记得签订了一年的劳动合同，后09年12月份调入其他部门工作，再也没有签订其他合同至今（单位有工会，不知道签没签定集体合同，我不知道集体合同能否代表劳动合同）。现在我因在14年10月15日没有和单位打招呼就不去上班，单位有规定30天后属于自动离职，单位每个月20日发工资，单位考勤从上月26日到下月的25日，单位再没有通知我的状况下扣掉我9月份（即从8月26日到9月25日）和10月份（即9月26日到10月14日）工资，理由是我在13年曾参加一个培训考证的费用，我在10月30日查工资卡发现9月份工资没有到账，随即联系人力部，答复就是暂扣，等查实培训费用后扣除再发工资，但等到11月21日别人发10月份工资时，我还没发工资，随又打电话问人力资源，答复是等待处理，我也不知道我还得等多久，我知道没去辞职，没打招呼就自动离职给单位领导造成不好印象，我现在可以怎么办，我可以申请劳动仲裁吗？还可以申请什么，又或是需要承担什么责任，请您解答！！！