承担管理责任遭遇赔偿经济损耗、停发工资福利是否合法

我是一名高职院校专职教师，属于人事代理合同制。2013年5月，学校党委会研究决定启动一校企合作经营性项目。任命我为项目运营执行副组长，上有领导小组还有项目组长和副组长。在项目启动前，我就提出了项目运营组织设计上有问题，是按照行政特色构建不符合市场规律，领导指示这是探索，所以算学校特色。我虽然承接了这一任务，但也提出了三个问题：1、财务管理问题。希望学校安排财务老师来承担财务管理和指导、监督学生工作。2、人员问题。正式安排其他工作人员组成团队来进行管理。3、激励问题。因为本项目从学校立意上来说是通过实际经营来培养学生，所以参与的工作人员承担着本职工作内容以外的工作任务，所以应给予相应的激励措施。但学校授权承担管理责任的院系一直没有就这三个问题进行解决和安排。因领导催促，项目于2013年7月正式启动，前后总计安排了67名学生在项目中担任各项岗位，包括会计、出纳、收银、采购、营业员等管理岗和业务岗，而实际参与的老师在前期只有我一个人。运营的实际工作基本上全是学生完成。我担心财务上出问题，在运营前期多次向领导反映尽快落实财务管理老师，但领导一直没有解决。因怕事后被追究经济责任，在运营过程中，我一直没有直接接触钱和商品，都安排学生负责。到2014年2月。因经营不善，项目停摆。场所也关门。延续到2014年7月，场所都处于无人看守状态。期间，共发生两次偷盗事件，特别是2014年7月，场所内的后台两台电脑被偷。事件发生后，学校开始对项目进行审计，经审计，发现经营期间共有50000多元的货物出现损耗。经过向经手学生调查了解，大致清楚了货物损耗的原因。因要向合作商家交代，学校从2014年8月开始停发我的所有工资和福利，但没有给我任何通知，一直到9月下旬，才口头告知，一直停发到现在。而且针对这50000多元的损耗于2014年12月做出了我需要承担直接管理责任，由我个人赔偿的决定，（要求我个人承担绝大部分）并同时要求我主动辞职，否则予以开除的处分。
在此，我想咨询以下几个问题：
1、在项目运营中，我主要是指导和管理学生，但并没有获得过任何学校额外的报酬，在学校的调查中我也没有出现贪污、挪用等违法现象。并且在运营期间，我还要承担本职工作的教学和科研任务。出现以上问题，是否需要我个人承担经济赔偿，而且还要被开除？
2、学校停发我的工资和福利是否合法？
3、我应该如何保护我个人的合法权益？