在申请劳动仲裁时遇到的问题

各位律师大家好感谢你们在这里建立了可以这样和你们沟通的桥梁。
我是辽宁省抚顺市一名建筑工地的技术员，在去年的工作中一直还没有拿到足额的工资。至今欠我一个人的工资47000多。我们这个工程的项目经理也是非法挂靠了一个建筑公司，项目经理与我个人签订了劳动合同。
年前11月至今一直在政府信访、劳动局等部门中寻求法律维权帮助。年前因为项目经理恶意欠薪已经被公安机关拘留了，但在2015年2月17日挂靠公司拿出了100万元付给了我们24%的工资后，在我们任何一个投诉人不知情的情况下将项目经理保释出来了。虽然我们得到了这24%的工资，在最近我们又找到劳动监察部门追问事件进展情况，没有得到合理的书面回答或口头解释。
我想请教一下在线律师，我这种情况是否可以申请劳动仲裁，在劳动仲裁申请中是否可以讨要50%~100%的经济赔偿金。依据《劳动仲裁法》劳动仲裁部门是否受理我这样情况的申请？今天我也去了该部门，他们说仲裁部门只是负责企业与个人、单位与个人，的劳动纠纷也就是劳动关系纠纷。不负责向我们这样自然人与自然人之间的纠纷，也就是劳务纠纷。劳动关系与劳务关系我真的分不清楚。还说向我们这样的劳务关系纠纷只能去法院民事诉讼。
在这里请求在线律师能为我做出详细的解答，谢谢了。