员工个人原因损坏公司电脑，未赔偿，但已离职。

该员工于2015年3月份因把公司配备的笔记本带回家，且不小心洒上了水导致电脑主板损坏，无法正常使用。后于2015年4月24日离职，已办理完离职交接手续。但之前损坏的电脑一直没有处理，当天发现这个问题后也有打电话叫她回来处理下，但一直说没有时间。故我公司只能以邮件形式和她进行赔偿事宜的协商，但是现在该员工以下面几条为依据要去仲裁我公司，特在此进行咨询。
1.我公司扣押工资（我们公司工资都是十五号发放，当月离职的在次月发放，所以她4月离职，工资也确实应该在五月发放）可能做法没有很合理，但是算不上是扣押。不过之前在邮件里有说明，若不支付则在其离职当月工资里扣除。现在快到工资发放日，且员工拒签赔偿协议，如果真这样做不知是否合理。另外接下来要在怎么规避或操作？
2.未及时开具《离职证明》给她造成了精神上的损失，该证明她在5月4日的时候要求提供，但是因为一直没有协商下来电脑的事情，所以我们暂时没有开出，她有证据可证明我们当时拒绝开具。但是今天在正式开具该证明后，说要公司赔偿她精神损失。这一点是否可以申诉成功？
同时，电脑赔偿的事宜，我们是这样走的流程：
1.按照电脑购入的价格依照国家相关法律给予折旧赔偿；
2.购买一台成色差不多的电脑进行赔偿；
3.支付电脑的维修费用。
该员工后来选择的第三条，但是因为维修之后后期在正常使用的情况下难保会再出现问题，我们希望还是她承担，她拒绝了。到今天，我们只要求她仅支付电脑的维修费用即可。但是她却说要去申请仲裁。