这种情况属于违法拖欠工资吗？

我在一个连锁百货的加盟店上班半年，这个加盟店的营业执照是个体户，但其实是由公司管理跟发工资。因为门店开业的时候法定经营者，也就是营业执照上的老板身份证在补办，所以拿了我的身份证跟银行卡去银行签了税务三方协议，当时也市我自愿这么做的。但现在我离职了，公司要求我把银行卡上交给公司，我不肯，公司就以此名义扣发我的工资。离职前也跟公司沟通过改签税务协议，但那时公司嫌麻烦，一直要求我把银行卡交给公司，所以一直拖到我离职后都没有办好。现在公司扣发我的工资算违法吗？工作上的事我已经交接好了，而且我签的合同是跟门店签的，现在我应该找门店经营者还是公司追讨？门店经营者实际也是公司总部财务的员工。