企业有权在员工未满合同期离职时扣除所谓的保险费用及学历补助费用吗

问题：1，企业签订劳动合同合同为6年，一般合同签署为1年；2，员工终止合同需提前6个月提出申请（实际3个月之前已经提出申请）请问是否符合法规；3.合同中规定员工擅自离职，需赔偿给企业的各项经济损失和技术培训费5000-20000，合法吗？
事情追述：14年2月签署劳动合同，现本月23号将离职，离职之前按领导要求于3个月之前已经书面申请离职，因为5月份由于一年多以来长期夜班，身体出现抵抗力下降，住院10多天，医院表示不适合长期夜班，所以才会考虑离职，5月份工资病假公司不仅没有任何补助，反而扣其工资；前几日财务通知其离职时将会从工资扣除学历补贴6000元及公司为其交付的保险将会扣除7-8月份的，先写出理由，因为这是将要发生事宜，只好先求助，我们应该如何维护自己的正当权益，或者在事前我们需做什么准备保留其证据以备劳动仲裁。