提前辞职后一直没发工资，并且说要扣违约金

我是教师在暑假前7月初申请辞职，当时我写了辞职信并填写离职单，但当时资源部以违约为由未给我签字，再以我未完成辞职手续为由说要扣了我6月到7月的所有工资。当时又是期末放假了，开学后9月份10月份我分别再次去完善了手续，自己在网上查了一下自己并不属于要扣违约金的两种情况，但是学校态度较硬，协商最后人力资源部说只扣除绩效部分。但是又发现我的工资是被扣在管这方面的校长那里，校长更霸道，说资源部说的不算，一定要扣我5000元，而且还是一副一点也不怕被告的态度，并且我已完善辞职手续至今还没收到工资。我查了一些法律方面的东西，比如说：1、合同上的学校因合同未到期为由扣违约金属无效条款；2、应以自工作30日起购买保险，但我工作两年，一年半后才买的，并且还没拿到任何卡之类的东西；3、学校每个月都没有工资条，更不要说什么有关保险的明细了。另外学校还有些不太人性的规定，比如有段时间强制性要求我们在晚上下班后对学生进行个辅，可能只是后面抱怨较多变成了建议个辅。请问：1、学校该不该扣我5000元违约金；2、学校扣了我这么久的工资合法吗，我该怎么要我的工资；3、我这样算是提前一个月辞职吗？4、如果学校所做不合法我应该怎么处理？（学校肯定还是关系很硬的）

（补充：工作两年，一年试用期签的三方协议；再签三年正式合同，工作一年后辞职。其他同事是开学来辞职的，也有没辞职直接走的所以没扣工资，只扣了没发的绩效）