单位两年没有交社保，但这是签了合同的，这合法吗

2009年六月来到单位 ，三个月试用期后正式签订劳动合同，由于单位的总部是在西安，这里只是与本地医院合作所设的分部，单位以社保不能在全国联网为由不给交，只是说明如果有了执业证书（国家规定一年以后才能报名考试）就可以给予每个月200元的社保补助，因为当时刚刚毕业很珍惜工作机会且社会经验不足就签订了这样的劳动合同，2011年五月顺利的拿到了执业证书并将原件交给单位，五月给予200元补助，六月七月给交了五金，八月请得一个月的病假，单位又以没有上班为由停止的五金，九月提出辞职，但在2010年十二月又跟单位签定了一个合同，主要内容是在2011年十二月三十一号之前辞职的话必须给单位缴纳五千元的违约金，否则就不给证件（包括毕业证原件及执业证书原件），请问这样的两个合同合法吗？我应该怎么维护自己的权益呢？？？