房改权被禁止，长期事实居住，被收回，如何申诉

您好，我家房子之前最早是单位分配的，然后房改的时候有购买权，我父亲也是单位员工，但是当时与所在单位当地自来水厂有官司纠纷，然后其他人购买房屋产权之后，水厂方面禁止我父亲购买所住房屋，要求还清欠账（原本我父亲是水厂厂长，有一家水管销售店面，因纠纷被查封，所购买的货物被压，且额外说要罚款---此事不论，背景描述）等各种理由再可以购买房屋。
但是后面一样一直住着，94年到现在，也未交房租，无人问津，近日因为房产证问题，原产权方城建局转移产权至房管会，发现房屋无户主，要求搬出，法院发函，请问是否可以申请按当时价格购买产权，此房是我家唯一住房，但因打工等原因大多时间在外地。   请问该如何处理能最大化我方利益。  主要诉求是留下房屋。尽量低的代价，该如何申辩？或者是告原单位的自来水厂？ 请较为详细的告诉我一下，谢谢。