应届生辞职档案问题

我是2011届的应届生。今年3月份与一家教育培训机构签订了三方协议，成为这家机构的一名英语专职教师。并于3月上旬去该公司的总部南京接受了培训，培训的内容为：企业文化、专职老师应具备的素养、以及如何备课、上课、评课。在这培训期间，是不待薪的，但食宿都是由公司出的。培训结束后，公司要求我们与之签订了一份培训协议，大概是这样的意思：我与贵公司有2年的服务期之约，若我未满两年就离开公司的话，就要付（2000/24）*（未完成的服务月份数）。四月初，我就去该公司进行实习，至八月初递交了辞呈，九月一号离开了公司。这五个月期间，我所在的公司并没有按照以前的约定给我交任何的社保。另外，我所在的公司有好多分部，我本人是在苏州分部工作的；但苏州分部没有接收档案的地方，所以应公司要求，我的档案被放在南京人才市场管理。
我有以下几个问题：
1.该公司所要求的违约金是否合法？
2. 我现在要找一份新的工作，是不是必须得有原所在公司开的离职证明啊？我不交违约金，是不是公司就不会给我开离职证明？
3. 我辞职后，档案可不可以继续放在南京人才市场？需要我去南京人才市场办理一下“个人存放档案”这样的程序吗？还是说可以就这样放任它不管？