关于事业单位自动离职

1999年8月大学毕业时，与某县中学（事业单位）签定3年合同，户口也随之转到该学校的集体户口上。2001年8月因工资低递交辞职申请，未批，我就离开，工资也随之停发，该单位也停止帮我交纳社保，医疗及住房公积金。

后来听原来的同事说，当地教委将档案卡住不放。
之后我回过单位几次。

2009年7月我打电话问教委，想将档案转到人才中心。当地教委说后来给我按自动离职处理，我的档案可以拿走。我问需要支付多少违约金，他们答说不用支付。

现在人才中心因我的档案中有“自动离职”的红头文件，不能接收我的档案。
请问：
1）单位未向我传达“自动离职”文件（我一直与原单位同事保持联系，也曾发过信息给该学校校长，可以说他们有我的联系方式，最低档案里有我的籍贯，里面是我父母的地址）此自动离职是否成立？
2）若自动离职成立，该单位是否应为我做出经济补偿？
3）若自动离职不成立，请问法律依据是什么？单位是否应该帮我补交2001年至今的一切保险及公积金？