公司是否可以申请劳动仲裁

公司一名员工因自身身体原因（严重的皮肤病）从2011年7月起一直请假，到2011年12月13日止请假超过3个月时间，其中还有整月请假，公司按劳动法规定发放了最低工资。12月13日又来请假，公司考虑到她的情况，从人性化的角度出发，让他回去休息3个月时间，并且工资按最低标准发放。3个月过后，员工来公司报道，但是自身条件还不能工作，并且也没有提供任何治疗的依据，公司只能做出辞退处理。按劳动法的规定，每年付1个月的补偿金。但是员工还不满足，并且找人到公司闹事，为此公司也报警了，但是作用不大。如果公司按规定发通告，可能还会来闹事。并且一再强调是在公司上班期间生病的。让他做鉴定，又没有。对于这样的情况，公司是否可以申请劳动仲裁呢？如果保护公司利益呢？