员工自离问题

公司有1位员工签订了劳动合同，并且过了试用期已转正。2012年5月3日提出离职，公司批准6月2日办理离职手续。但该员工自3号之后未前来公司上班，一直旷工。公司的聘用制度当中明确规定，员工离职时需提前一个月提出申请后，方可办理离职手续。现员工未办手续，并去当地劳动局申诉，原因是我公司拒绝办理离职手续，并不结算他的工资。目前的情况，我公司应如何积极处理？工资我司会照发，但是如何扣款才能保障符合法律的风险？
恳请律师详细解答，非常感激。