（一）在提高诉讼效率上具有局限性。最高人民法院行政审判庭认为适用《若干解释》第61条在行政诉讼中一并审理民事案件时，一般先审理行政部分，然后再审理民事部分。如果民事部分案情较复杂，可能延误行政诉讼审理期限的，也可以先对行政部分审理并作出判决后，再由同一审判组织继续审理民事部分。法院经过审查认为行政机关的处理决定合法，必须维持该处理决定，如果经审查认为决定违法，应当予以撤销。撤销后，如果当事人一方要求法院进一步解决民事纠纷，法院可以一并解决相关民事争议。行政和民事的判决、裁定一般应分别作出。笔者认为，这种操作程序尽管可能避免庭审调查复杂、法庭举证规则混乱等现象，但严格讲来仅解决了同一审判组织对相关案件的审理问题，与“一并审理”差距太大，谈不上提高诉讼效率。尽管同一审判组织对案件事实的认识、审理、法律适用等均了解情况，由其继续审理民事案件有利于判决结果的科学性、严肃性，但是设立附带诉讼包括行政诉讼一并审理民事案件的制度，本质上不仅是出于裁判稳定性的考虑（即避免裁判的相互矛盾），更重要的是出于提高诉讼效率的考虑。如果主诉讼与从诉讼分期审理，甚至分别判决，能否称为“一并审理”值得推敲。

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　　（二）行政裁决违法如何确认难以把握。从《若干解释》第61条的文字表述和最高人民法院行政审判庭对此条的释义来看，行政裁决违法是法院审理行政案件时一并解决民事争议的前提，并且这一前提不是民事争议当事人的主观认识，而是法院的确认。但是《若干解释》并未就行政裁决违法由哪一级法院、在什么情况下确定作出具体规定。一审法院对行政裁决行为进行审查以后，如果认为其违法，可以作出撤销或确认判决，但是这时当事人还可能对此提出上诉，判决并不能立即发生法律效力，被诉行政裁决行为是否真的违法，还不能最终被确定。而如果行政裁决违法是由二审法院确定，那么民事争议的当事人将被剥夺上诉的权利，这与二审终审的原则不相符，同时也不存在“一并审理”的问题。行政裁决违法如果仅仅是一审法院认为行政裁决行为不符合法律对行政行为合法性的要求，在作出一审判决之前的一种程序性的确认，那也不存在“一并审理”的问题，因为附带诉讼的实质是为了提高诉讼效率将两种不同类型、不同性质的诉讼放在同一诉讼过程中进行审理，如果一审能够确认行政行为违法，必定已经经过庭审、合议等一系列法定程序，此时再对民事争议进行审理，也必然要启动相应的程序，故已不是实质意义上的“一并审理”了。??

　　（三）一并解决相关民事争议的诉讼请求应在何时、以何种方式提起没有明确规定。按照最高人民法院行政审判庭行政诉讼、民事诉讼分步审理的观点，人民法院经过审查认为行政机关的处理决定合法，必须维持该处理决定，如果经审查认为决定违法，应当予以撤销。撤销后，如果当事人一方要求法院进一步解决民事纠纷，法院可以一并解决相关民事争议。也就是说在法院作出判决（否则“撤销”难以体现）后，当事人都可提出一并解决相关民事争议的诉讼请求，这就意味着需要进行新的一轮审查、开庭，这种“一并审理”并未从实质上减轻当事人的讼累和提高审判效率。同时，如果一审法院判决撤销被诉行政裁决后，被告行政机关提起上诉，二审法院经审查认为该行政裁决合法，撤销一审判决，维持该行政裁决或发回一审法院重审，那么此时民事案件无论是否已经审结，都将与该判决发生极大的冲突。??

　　行政诉讼一并审理民事案件在审判实践中还存在许多具体操作性的问题。对附带民事诉讼的一并审理时，要遵循何种原则与制度？行政附带民事诉讼的审理期限遵照行政诉讼法的规定还是民事诉讼法的规定？如何解决行政诉讼与民事诉讼的时效冲突？一方当事人上诉后，二审法院的审理范围如何确定？这一系列的问题，限制着法院对《若干解释》第61条的适用。??