4、物流业务外包本身有其复杂性
供应链物流业务通常和公司其他业务，如财务、营销或生产集成在一起，物流业务外包本身就具有复杂性。对一些实际业务，包括运输和仓储的集成可能会带来组织上、行政上和实施上的一系列问题。此外，公司内部信息系统的集成性特点，使得把物流业务交给第三方物流公司来运作变得很困难。
5、衡量物流外包的效果受诸多因素的影响
准确地衡量物流成本对信息技术和人力资源的影响比较困难。很难确定物流业务外包到底能够给企业带来多少潜在的成本好外。另外，各个公司业务的独特性和公司供应链作业能力，通常被认为是不宜向外部公开的内部信息，很难准确地比较公司间的供应链作业能力。
尽管有些生产企业已经意识到利用第三方物流可以给企业带来很多好外，但是在实际应用时往往分成几个步骤，同时选择数个物流服务提供商作为合作伙伴，以避免将业务交由一个物流服务提供商而带来的依赖性。
三、我国第三方物流企业在发展中遇到的问题
一个成功的物流企业，必须具备较大的运营规模，建立有效地地区覆盖区域，具有强大的指挥和控制中心，具备高水准的综合技术、财务资源和经营策略。
我国第三方物流企业在发展中遇到的问题可以归纳如下：
1、运营模式问题
目前世界大型物流公司大都采取总公司与分公司体制，总部采取集权式物流运作，以业务实行垂直管理。建立现代物流企业必须有一个能力很强、指挥灵活的调控中心对整个物流业务进行控制与协调。真正的现代物流必须是一个指挥中心、一个利润中心，企业的组织、框架、体制等形式都要与一个中心相匹配。我国的物流企业在运营模式上存在问题，国外物流企业的管理模式值得国内物流企业借鉴。
2、仓储或运输能力欠缺