通过机构的分设，充分利用增值税优惠的法律规定，也是增值税纳税筹划的一个很重要的思路。

　　例1：某钢铁生产企业，以钢材为其主要产品，其生产原料很大一部分为废旧钢铁，而废旧钢铁的主要来源除了外地废旧物资经营单位外，主要从本地的个体废品店收购。从外地废旧物资经营单位购进废钢，由于对方可开具增值税专用发票，因而本企业可抵扣进项税额。而按现行税收政策，从个人处收购废旧物资，除专门的废旧物资经营单位可按收购额10％计提进项税额外，工业企业是不能抵扣进项税额的。因而该钢铁企业从个人处收购的废钢铁无法抵扣进项税额，增值税的负担就比较重。

　　该钢铁企业决定专门成立一个废旧物资回收公司，独立法人，独立核算，并经工商机关和公安机关批准，执有特种行业（废旧物资经营）经营许可证，所有该钢铁企业从个人处收购的废旧钢铁均通过废旧物资回收公司，废旧物资回收公司再按市场价格将收购的废钢铁销售给钢铁企业，并开具增值税专用发票，税率17％。通过机构处理，钢铁企业购进的所有废钢铁都可以正常的手续足额抵扣进项税额，从而减轻了钢铁企业的税收负担，而废旧物资经营单位虽然名义税负很高，但依据现行财税政策，废旧物资经营行业采取先征收后返还的政策，由财政返还其应纳税额的70％，因而其实际税负并不高。

　　通过上述例子分析，企业在一定的情况下，分设机构或者设立新的机构，在一定程度上可以节省税款。但税款缴纳只是企业经营的一个部分。由于分设机构也可能会带来管理费用的增加，管理路径的拉长，影响效率，所以是否分设机构要总体考虑，权衡得失，使企业整体效益最高。