实行相应的水权交易财税政策，一方面是为了鼓励和促进水权交易，另一方面是通过财税调控手段，消除水权交易的负面影响和存在的问题，最大限度发挥水权交易的作用。

　　(一)对农民采用农业节水技术提供财政支持

　　农业是我国的用水大户，农业节水的潜力巨大。农业节水尽管对农业本身具有积极的作用，如降低了成本，同时，农民投资节水技术还可获得所节约水量的转让收益，但更重要的是节约下来的水资源流向了城市和工业部门，支撑了国民经济的快速增长，而农民并不能得到节水所带来的全部收益。因此，农业节水技术对全社会具有巨大的正外部性，这正是公共财政政策所要支持的。因此，财政特别是中央财政应该加大对节水农业的投入力度，对农民投资节水农业技术进行直接到户的补贴。具体可以采取粮价补贴、实物补贴、申报补贴等方式，保证补贴透明和补贴到户，以逐步形成对农民有效的节水激励。

　　(二)运用适当的财税政策激励企业节水

　　对积极节水并出售水权的企业应从税收等方面予以支持。引入水权交易制度以后，在企业成本和费用中应增加企业为节水而增加的有关直接成本和间接费用，企业为获得水权而支付的费用也应计入税前成本而不应在税后净利润中扣除，这样，可激励企业根据市场情况加大节水力度，以提供有效的水权供给;对于企业所节余的水权，必要时可以采取由政府收购的方法，刺激企业节水。此外，还可以实行抵消政策，即在某一区域范围内，新建企业如要获得一定数量的水权，可以通过帮助该区域内另一企业进一步采取节水措施，减少耗水量，从而利用其多余的水权为自己所有。

　　(三)为水权交易提供必要的“公共产品”，以促进水权交易

　　1.加强大型水利基础设施建设。大型水利基础设施是开展水权交易所必备的，有利于控制水权交易成本，克服水权交易可能存在的“市场失灵”问题。例如在智利的Limari流域，由于水利基础设施等基础条件较好，水权交易就比其它流域活跃。大型水利基础设施涉及整个流域，其受益人具有不确定的特点，属于纯公共产品，应由政府(主要中央和省级政府)来投资建设。

　　2.加强水权交易信息系统建设，加大水权信息采集和披露的力度。先进的水权交易信息系统，广泛的信息采集和披露，能够降低水权交易成本，促进水权交易的广泛参与，有利于提高水权交易效率。国家水行政主管部门应加强水权交易信息系统建设，通过发布流域或地区用水公报，定期公布各省、自治区、重要灌区和大的用水户的用水信息，包括分配水量、实际取水量和耗水量、排污量、用水效率、水价等相关指标，为水权交易提供必要的基础数据。水文资料也是一种公共产品，具有积极的外部性，它也应由国家财政投资、公共机构提供，并且由全社会无偿使用，而不能成为少数机构的“私人物品”。(注：胡鞍钢、王亚华：《转型期水资源配置的公共政策：准市场和政治民主协商》，《中国软科学》，2000年第5期。)

　　3.由国家对大江、大河和大型湖泊、水库等水源地这一“公共产品”的生态环境进行投资保护，植树造林，加强生态建设。

　　(四)对水利设施实行企业化运营，将其中的财政补贴转为对特定对象实行定向补贴和转移支付

　　与江堤等纯粹的公益性水利设施需要政府来管理不同，有些水利设施如灌区虽然本身具有公益性，如防洪防灾，但更多的是具有非公益性。它既可以向农业供水，也可以向城市供水，而且后者的盈利可能会较大，这是一个收益较为稳定、可以商业化运作的领域。因此，对灌区及类似性质的水利设施可以实行企业化改革，采取发行股票、债券和从银行贷款等投融资方式，成立供水公司(或类似性质的公司)并按照公用事业的经营模式来运作，引入竞争和广泛的用户参与，改革收费办法，减少直至取消财政拨款或补贴。同时，将节省下来的财政拨款或补贴转为对特定对象实行定向补贴和转移支付，如可以仿照粮食直接补贴的方法，对农民(特别是贫困农民)用水户进行直接补贴，体现保护农民这个弱势群体的原则，实现社会收入的再分配;可以对一个流域上游或贫困地区实行专项财政转移支付。

　　(五)对水权交易实行必要的宏观调控

　　1.政府可考虑对不同类型的水权交易收取不同的手续费，引导水权的有序流动。对于水权交易中导致水资源利用效率提高或有利于改善生态环境的，应予以鼓励，只需交纳很少的手续费;反之，对于不利于水资源利用效率提高、不利于改善生态环境或对第三方水文条件和经济状况产生不利影响的水权交易，则应交很高的手续费。对于水权和排污权向工业小区流动的交易，手续费应极低，以示鼓励，因为水权和排污权的这种流动有利于提高水资源的利用效率和集中治理污水。

　　2.对于水源保护区，可分配较多的初始水权和较多的初始排污权，使其通过市场交易获得必要的节水和治污资金。

　　3.对于水权交易的收益应暂缓征所得税，并将收益主要留给地方，以鼓励地方开展水权交易，优化水资源配置。

　　4.由国家设立生态用水干预基金，专项用于政府购买水权的支出，以补充必要的生态用水，实现对生态用水的宏观调控。基金的主要来源是水权交易的手续费和收益分成。