此案中，某棉业公司的行为构成(一)或者(三)规定的税务违法行为，属于因超过期限申报而造成的欠税，不符合该(二)之规定，因此，不应按偷税处理，更不会构成偷税罪。

王某某于2004年5月24日因涉嫌虚开增值税专用发票被羁捕，人身自由受到限制，某棉业公司账目被封，无法进一步发货，多个合同无法继续履行，给购货方的发票不能及时开出，无法实施下一步的纳税申报程序，进而无法按其经营额缴纳其应纳税款，属于存在着不以其个人意志为转移的客观原因。单就纳税来讲，可以说，如果王某某本人没有被关押，仍在主持其公司，其经营中发生的税款肯定会如数缴纳。因为，没有任何证据和任何迹象表明他会偷税。所以不能让王某某来承担他所不应承担的、也并没有实际发生的偷税的责任。

3．某棉业公司的行为不符合《刑法》关于偷税罪的规定。

《最高人民法院关于审理偷税抗税刑事案件具体应用法律若干问题的解释》规定：纳税人实施下列行为之一，不缴或者少缴应纳税款，偷税数额占应纳税款的10%以上且偷税数额在1万元以上的，依照《刑法》第201条第一款的规定定罪处罚：(一)伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证；(二)在账簿上多列支出或者不列、少列收入；(三)经税务机关通知申报而拒不申报纳税；(四)进行虚假纳税申报；(五)缴纳税款后，以假报出口或者其他欺骗手段，骗取所缴纳的纳税。

根据以上规定来具体考察某棉业公司的行为：

第一，不存在(一)和(五)的情况；

第二，不存在(三)的情况：在指控的事实中，某棉业公司确实存在没有及时将预收货款转为销售收入、向购货方开出发票、向税务机关作相应纳税申报的行为，但不属于拒不申报纳税。

第三，不存在(二)的情况：预收货款虽然尚未记入销售收入，但根据某棉业公司在2003年6月至2004年4月发生的未被指控的多起业务情况来说，预收货款都转为销售收入而进行了纳税申报。起诉书所指控的未作销售收入的情况，是因为合同尚未完全履行结束，某棉业公司还没有进行转为销售收入、进行纳税申报的会计操作。虽属违规，但不构成犯罪。

第四，不存在(四)的情况：某棉业公司没有进行任何虚假的纳税申报。

第五，既然不存在(一)到(五)的情况，也就不可能出现“不缴或者少缴应纳税款，偷税数额占应纳税款的10%以上且偷税数额在1万元以上的”情况。

综上所述，某棉业公司的行为没有触犯《刑法》第201条的规定，因此不构成偷税罪。

4、在王某某案发后，轧花厂于2004年8月13日向某棉业公司开出增值税专用发票14份，其中进项税款1616645.40元。这些进项税款应从销项税款中扣除。这个事实已由王某某的妻子向某区公安分局提出，但在起诉书中未提及，法院应予以调查，并认定为某棉业公司存在大量进项税款，在计算某棉业公司欠税数额时从销项税款中予以扣除。