第五，仲裁机构对案件所做的裁决是发生法律效力的终局裁决。这是仲裁机构对其案件审理结果的自治性。虽然人民法院对仲裁具有监督作用，但“法院对仲裁的监督基本上是被动的，当事人提起撤销仲裁的请求或申请执行、不予执行仲裁裁决时，法院才可以介入”。  而法院对当事人提出的撤销裁决或不予执行裁决的申请，经审查认为不具备撤销或不予执行的理由的，则会驳回该申请。从上述意义上讲，法院被动的监督也是对仲裁裁决自治性的保护。赋予仲裁机构此种自治权，目的就是为了减少讼累、降低成本、节约时间，实现仲裁本身所固有的快捷、方便、高效、低耗的优点。也只有如此，才能最终维护仲裁裁决的严肃性和保证仲裁的特色。
      
        3.1.4当事人、仲裁庭、仲裁机构的三种自治权的关系

        在这三种自治权中，当事人的自治权当居于核心地位，仲裁机构的自治权或仲裁庭的自治权均应为最大限度地满足当事人的自治权服务。这是因为，首先，“当事人自治在仲裁中具有重要作用，这是由于仲裁是解决纠纷的一种私法制度，其目的在于使当事人独立、自由确定的方式得以产生效果。” 其次，当事人的自治权决定了仲裁的启动、运行及结束，而仲裁机构、仲裁庭的自治权应均是为仲裁的启动、运行及结束提供条件和服务的。从这种意义上来说，当事人的自治权是仲裁机构、仲裁庭自治权形成的基础。离开了当事人的自治权，仲裁机构及仲裁庭的自治权便是无源之水，亦没有存在的必要。
       当然，仲裁庭和仲裁机构的自治权尊重和服务于当事人的自治权并非盲目的和无条件的，它以当事人自治权的合法性和合理性为前提。意思自治是有限的，当事人的意思自治也不例外，它也要受公序良俗和强行法的限制。当当事人的主张或要求不合法即违反强行法规定或不合理即违反公序良俗时，仲裁庭或仲裁机构应当基于公平正义的目的行使自治权对其限制或制止。如有的当事人为了达到拖延仲裁程序的目的多次请求延期开庭，有的当事人基于非法目的达成了侵犯他人或社会公共利益的和解协议。对当事人的此类自治权必须限制，否则将有碍仲裁程序的正常进行和公正裁决结果的实现。仲裁庭或仲裁机构对当事人自治权的这种限制作用，既是其自身自治权的要求，也是仲裁目的的要求。但是，这并不是说仲裁庭和仲裁机构的自治权可以凌驾于当事人自治权之上。实质上，仲裁庭或仲裁机构的这种自治权仍然是当事人自治权行使的结果。因为，是当事人选择仲裁并赋予了仲裁庭和仲裁机构审理其纠纷的权利。在赋予此权利时，当事人相信同时也要求仲裁庭或仲裁机构在主持案件的审理过程中能够作到客观公正和及时高效。由此可见，仲裁庭或仲裁机构基于公平正义的目的行使限制当事人不合法或不合理主张及要求的自治权实际上是为了满足当事人意思自治的需要，是当事人行使自治权的结果。
        就机构仲裁而言，仲裁机构和仲裁庭的自治权一般是属于不同阶段的自治权。除仲裁员回避等个别事项之外，仲裁机构的自治权基本存在于仲裁庭组成之前、仲裁庭组成人员签署裁决书之后。而仲裁庭的自治权基本始于仲裁庭成立之后、止于仲裁庭组成人员签署裁决书之时。在这两个阶段，仲裁机构与仲裁庭应分别就所涉事项行使自治权，而不应互相逾越或干涉。当然，这里的逾越或干涉是指无端的实质替代或否定。在机构仲裁中常有此类情形：仲裁机构不同意仲裁庭的意见便对其施加干涉，尤其是裁决问题。我们认为，此类干涉并未在实质上否定仲裁庭的自治权，是允许的。因为，在机构仲裁中，当事人选择某一仲裁机构大多是基于该仲裁机构的威望。因此，从自身名誉计，仲裁机构可以也应当对裁决等问题施加影响，这是仲裁机构行使自治权维护其自身威信或荣誉的必要行为。而作为仲裁庭，基于自身的自治权，它对仲裁机构的意见可以采纳也可以不采纳。而采纳与否均是仲裁庭行使自治权的体现。由此可见，仲裁机构这种自治权的行使并未剥夺仲裁庭的自治权，两者并行不悖，是允许的。

   3.2意思自治原则在仲裁制度中的体现

        3.2.1意思自治原则在仲裁原则方面的体现
    综观国内有关仲裁制度的文献，被视为仲裁原则的有八项：自愿原则、仲裁裁决原则、协议管辖原则、仲裁权独立行使原则、公正及时原则、不公开原则、一裁终局原则、人民法院监督原则。从其内涵来看，这些原则无不体现着意思自治原则的内容。
        首先，自愿原则是指当事人自愿采用仲裁方式解决纠纷以及当事人可自愿约定仲裁事项、仲裁机构、仲裁地、仲裁程序、仲裁结果等。由其所包含的内容看，自愿原则实质上就是当事人的意思自治原则。由于这一原则贯穿仲裁的全过程，是仲裁制度的基础，因而这一原则应是仲裁制度中意思自治原则的根本体现。
       其次，或裁或审原则是指当事人在选择纠纷的解决方式时只可择一而行，要么仲裁、要么诉讼；协议管辖原则是指当事人选择仲裁后，具体承办案件的仲裁机构由当事人协商确定；公正及时原则是指仲裁案件的审理要做到公平公正、快速及时；不公开原则是指仲裁案件的审理一般不公开进行。由上述含义而言，这四项原则的设立，或是出于对当事人意志尊重的目的，或是出于满足当事人选择仲裁的初衷的目的。而无论哪一种，都是尊重当事人意思自治的体现，都是意思自治原则的体现。
       再次，仲裁权独立行使原则是指仲裁机构或仲裁庭依法独立办案，不受任何不当干涉；一裁终局原则是指裁决一经作出即发生法律效力。这两项原则是对仲裁机构、仲裁庭在案件审理过程中自治权的尊重，是仲裁机构和仲裁庭意思自治的体现，同样也是意思自治原则的体现。
       复次，人民法院监督原则是指对违反公序良俗或超出法定仲裁范围、不属约定仲裁事项等的裁决由人民法院通过撤销或不予执行的方式予以监督的原则。这一原则要求仲裁机构、仲裁庭审理案件或者当事人协议有关仲裁事项时不得违反公序良俗要求及有关法律规定，这是对当事人、仲裁庭及仲裁机构自治权的限制。由意思自治的有限性而言，此原则当然也是意思自治原则的体现。