关于加班费扣除问题

欧阳律师,您好! 有个问题请教下: 我是在日资企业上班,是一名管理课长.今年10前之前我们没有加班费,但因为国庆长假,公司考虑管理人员不在的话,生产容易混乱,所以,向上面申请加班,上面同意加班费可以支付.当时我们与日本人确认,加班费计算的基数是否按工资总额(包含职务补贴等)计算加班费?对方回复:是按工资总额计算.9月工资发行没问题,(9月29.30日按工资总额已经计算加班费)10月份工资计算时.日本人发现我们加班(10/1到10/6)之间按照总额计算不对,提出不能按总额作为基数计算加班费,但考虑时间来不及(11/10发工资,11/10发现)就当天不能发工资,还是按照工资总额算了加班费并发了工资.现在日本人要求将之前多算出的的加班费退出(在11月份的工资扣出),理由是加班费要按基本工资计算.公司不能有两个标准:员工加班按基本工资算,课长加班按工资总额算.我们不同意,我们不同意的理由是:公司工资9月份已经发了,当时没有提出问题,10月份也发了,说明公司在某种程度上是承认这加班费的.但现在日本人这样做合理吗?如果不合理,我们怎么办? 如果日本人在12/10发工资时直接要求相关人员在发11月份工资扣除时,我们可否向厂方提出交涉?有无法律条款支持?非常感谢!!!