司法系统独立的首要保障或前提条件在于司法系统与行政系统的分立。当然，我们在此所谈的司法与行政分立，不是对西方资本主义国家三权分立国家理论的简单照搬，而是依法治国，建设法治国家的必然要求；是法治国家建设的历史经验给予我们的启示。司法行政分立不仅仅是指形式上的分立，更重要的是实质上的分立。鉴于我国社会政治的现实条件，司法系统独立应该具备以下的实质内容：

　　第一，机构设置和级层管理上的完全独立。实现司法系统自身的统一机构设置和管理，即自下而上的建制和自上而下的管理。更进一步说，法院系统的建制和管理应完全不受同级行政机关或地方政府的干预或制约；下级法院的建制和管理完全取决于上级法院的决定，而不是取决于地方政府，如人员编制、机构设置等等。现今正在考虑建设的地方海事法院或国际贸易法院以及隶属于司法系统的法官学院都应该以此为出发点设计实施。

　　第二，组织人事上的完全独立。实际上，这是直接关系法官队伍素质、司法人员作风和形象、法官司法工作水平乃至实现“公正与效率”这个世纪主题的关键。可以说，现今司法队伍中存在的许多问题都是由于司法队伍来源或构成不严格、不规范、不自主造成的。例如，许多地方政府时至今日仍然经常向同级地方法院派遣非法律专业的人担任院长、副院长和一般司法工作人员，这个问题在基层尤其严重。虽然已经实行的国家司法考试制度会对此有所限制，但如果不从根本制度上想办法，这个问题就不会得到真正解决。我国的法官法早已经颁行实施，而且有些规定还很现代化。但是，培植一个现代化的法官队伍，还需要一些国家管理层面上的相应制度。其中最关键的是：法院司法及管理工作人员的进出，必须要由法院本身依照法官法独立决定，不应受政府或其他团体的强制干预和影响。今后，我国法院的人事决定权应该逐渐过渡给完全独立的各级司法委员会。至于委员会人员组成，虽然不排除来自行政权力机关或由其指定，但主席和大多数成员必须是职业法官。

　　第三，经费财政上的独立。法院人事和财政不独立，受制于地方财政和组织人事部门，是长期困扰法院系统的两大问题。它迫使法院不得不考虑甚至屈从于司法系统外的各种意见和压力，从而使法院服从于法律大打折扣。在财政经费方面，由于我国幅员广大，各地经济发展水平很不平衡，以至于各地法院的财政来源也差距甚大。其结果，虽然最高人民法院对于法院建设发展和司法工作有因应时代和社会发展的统一要求，但实际上，地方各级人民法院根本无法获得统一同步的发展建设。事实上，各地各级法院长久以来不得不为自身的生存发展而八仙过海、各显其能。其结果，必然又使作为国家司法机关本应独立的法院进一步依附于政府和其他团体。这实际上造成了国家法治过程中的一个恶性循环。从今年开始，诉讼费作为法院经费来源之一的制度被废除，今后法院诉讼费和财政来源将彻底实行“收支两条线”。在法治国家的意义上，这种举措当然是一种进步。如果它能够在司法独立的大前提下操作和实现，那么无疑会对今后法院系统的财政独立起到极大推动作用；但是，如果失去上述前提，这个措施倒反而会使司法独立及各地司法系统的财政状况更加恶化。所以，我们必须借实行“收支两条线”之机，争取司法系统的财政独立。这的确是关系到司法“公正与效率”的一个大问题。

　　（二）法官独立

　　在司法系统获得基本的独立之后，法官的独立就成为司法独立的实质性保障。

　　其实，没有司法系统的独立，就不可能有法官的独立；而没有法官的独立，司法系统的独立就是空谈。两者相互依赖，彼此补充。法官的独立实际上构成司法系统独立的实质和核心。所以，如果说司法系统独立是司法公正的必要条件，那么，司法系统的独立又必然以法官独立为前提条件，这是司法公正，从而也是法治国家的逻辑。因此，在我们追求法治国家建设的过程中，当然不能不重视法官独立。根据我国现行法官法，法官享有充分的权利，以至于我们完全可以认为，现今中国的法官在法律上已经具有了相当独立的地位。例如，法官法第八条所列举的法官权利类型，其内容甚至比西方国家的有关规定更为广泛。但是事实上，由于我国的吏治传统源远流长，法治国家建设刚刚起步，相应的法治国家观念既未普遍也未成熟，法院系统的独立性还多受限制，故法官独立远远未能被人们认识和接受概念，况且传统惯性和社会现实条件还无时不在限制着这一观念迅速成为社会实践活动的一个重要组成部分。可是，无论如何，如果我们要建设一个法治国家，那么就不可回避地要面对这一挑战。