然而，由于我国缺少有效甄别外资的规定，使得《外商投资产业指导目录》的规定常常被规避。《关于向外商转让上市公司国有股和法人股的通知》第2条规定，“向外商转让上市公司国有股和法人股，应当符合《外商投资产业指导目录》的要求，但对怎样确认以及怎样保证没有细化的规定。所以，外资往往能通过间接并购的方式规避该规定的要求。例如，外商可以利用其控股的国内公司去收购必须由国内资本经营的公司，在不违背产业目录的前提下间接的控制那些限制或禁止外商投资的行业的经营权。这样非但使得我国对外资必要的市场准入限制虚置，而且使得证券市场成为了外资渗入涉及我国国家经济安全行业的工具。

　　（二）新公司的性质问题

　　外资并购上市公司后新公司究竟是外商投资企业还是内资企业也是目前较为突出的问题之一。这一问题不但涉及到新公司日后的运营中的税收问题，而且更重要的是新公司的监管。

　　在税收方面，根据《关于向外商转让上市公司国有股和法人股的通知》第九条规定：上市公司国有股和法人股向外商转让后，上市公司仍然执行原有关政策，不享受外商投资公司待遇。这一点的制定是出于维护我国市场稳定，防止A、B股市场间的套利行为，但这样十分不利于鼓励外商收购上市公司国有股的积极性。首当其冲的问题就是外资并购中的税收问题。《关于向外商转让上市公司国有股和法人股的通知》并未将被并购的上市公司视为外商投资企业，因此按现行《外商投资企业和外国企业所得税法》和《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》不得享受外商投资企业的税收优惠，而2003年1月出台的《外国投资者并购境内企业暂行规定》（可参见该规定第18条的规定）却是可以的。-这种法规方面的矛盾之处让外商无所适从。而且如果外商所在国与我国没有建立税收备忘录，外资并购我国上市公司可能面临双重征税的问题。这些都无形之中阻碍了外资对我国上市公司的并购。这也就是自《关于向外商转让上市公司国有股和法人股的通知》颁布后，外资对我国上市公司的并购并没有像管理层预料的那样如火如荼的开展的重要原因之一。

　　关于新公司监管问题，如果外资并购上市公司后的新公司不属外商投资企业，那原则上是不属外经贸部（现商务部）职权范围的。《关于向外商转让上市公司国有股和法人股的通知》第2条明文规定，向外商转让上市公司国有股和法人股，应当符合《外商投资产业指导目录》的要求。凡禁止外商投资的，其国有股和法人股不得向外商转让；必须由中方控股或相对控股的，转让后应保持中方控股或相对控股地位。而国务院部门职能“三定”的原则，关于外资是否遵循行业政策是由外经贸部（现商务部）负责的。如果新公司不是外商投资企业，那就会出现在外资并购上市公司时，外经贸部（现商务部）有权监管，但对并购后的新公司在日后经营中规避外商投资行业限制、进行垄断行为却无权进行监管的悖论。

　　二、国有股权价格问题

　　鉴于我国上市公司中国有股的比重较大，国有股权的转让价格是关键问题，它不仅涉及到整个并购行为是否顺利进行，而且还涉及到我国上市公司整体实力提高、国有资产保增值和证券市场的繁荣稳定问题。

　　（一）转让价格的评估方法

　　《利用外资改组国有企业暂行规定》允许非国有资产转让时应采用国际通行的评估方法，对于国有资产转让的评估，仍要求适用国有资产管理的有关规定，包括《国有资产评估管理办法》、《国有资产评估管理办法实施细则》等法规的相关进行评估，以评估后的净资产值为基础确定转让价格，通常不得低于净资产值的90%.在对国有资产进行评估时，主要看重公司的帐面价值，而外资一般则注重公司对于收购方所能产生的投资回报及市场价值，通常选择现金流贴现法、类比估值法等国际通行的做法进行评估，中外方在评估方法上通常存在的差距，所以国内资产评估机构的评估结果大多不被外国公司接受，这一差距常常成为了交易无法达成的症结。